직원 사택 종합부동산세 합산배제, 회사 아파트를 무상 제공하면 되나요?

Q

직원 열두 명 정도인 제조업 법인을 운영하고 있습니다. 지방에서 올라온 직원들 숙소로 쓰려고 회사 명의로 공시가격 4억 원 정도인 아파트를 사서 직원에게 무상으로 빌려주고 있습니다. 회사가 가진 주택이라 종합부동산세가 걱정되는데, 이런 사택을 과세 대상에서 뺄 수 있는지 알고 싶습니다. 또 회사 지분을 30% 가진 이사에게 사택을 주는 경우도 똑같이 되는지, 언제 무엇을 신고해야 하는지도 궁금합니다.

A
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종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 회사 소유 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억원 이하이면 종합부동산세 과세표준 합산에서 빠지는 합산배제 사원용주택이 됩니다. 다만 법인의 주주인 임원에게 제공하는 주택은 소액주주가 아닌 한 제외되며, 합산배제를 받으려면 정해진 기간에 신고해야 합니다. 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호는 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택 등으로서 대통령령으로 정하는 주택을 과세표준 합산 대상에서 제외합니다. 같은 법 시행령 제4조 제1항 제1호는 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억원 이하인 주택을 정합니다. 다만 같은 호 나목은 사용자가 법인인 경우 해당 법인의 주주 또는 출자자인 임원에게 제공하는 주택을 제외하고, 「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 따른 소액주주등은 이 제외에서 다시 뺍니다. 같은 조 제2항은 해당 연도 중 종업원에게 제공하는 기간이 9개월 이상이고 제공하지 않는 기간에 다른 용도로 쓰지 않으면 과세기준일 현재 계속 제공하는 것으로 본다고 정합니다. 직원이 바뀌는 사이 잠시 비어 있어도 이 기준을 지키면 됩니다. 질문하신 아파트는 회사 소유이고 직원에게 무상으로 제공되며 공시가격이 4억 원이므로 6억원 이하 요건을 충족합니다. 따라서 일반 직원에게 제공하는 동안에는 합산배제 사원용주택이 될 수 있습니다. 반면 지분 30%를 가진 이사는 법인의 주주인 임원입니다. 「법인세법 시행령」 제50조 제2항은 소액주주등을 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등으로 정하므로, 30%를 가진 이사는 소액주주등이 아닙니다. 따라서 그 이사에게 제공하는 주택은 제1호 나목에 따라 합산배제 대상에서 빠집니다. 그 경우 그 아파트는 회사가 가진 다른 주택과 함께 과세표준 합산에 들어갑니다. 6억원 기준은 과세기준일 현재의 공시가격으로 판단하므로, 공시가격이 오르면 해마다 다시 확인해야 합니다. 공시가격이 6억원을 넘게 되더라도 국민주택규모 이하라면 요건을 충족할 수 있으므로 전용면적도 함께 확인해 두세요. 예를 들어 직원이 퇴사해 두 달 비었다가 새 직원이 입주했다면 그해 제공 기간이 10개월이므로, 빈 기간에 다른 용도로 쓰지 않았다면 계속 제공한 것으로 봅니다. 신고는 종합부동산세법 제8조 제3항에 따라 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 관할세무서장에게 주택의 보유현황을 신고해야 합니다. 시행령 제4조 제5항은 사원용주택등 합산배제 신고서로 신고하도록 하고, 최초 신고 다음 연도부터는 정해진 사항에 변동이 없으면 신고하지 않을 수 있다고 정합니다. 사택 제공 계약서와 직원의 재직 자료, 입주 기간 기록을 보관해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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