과세예고통지 1주일 만에 고지, 제척기간 임박이면 적부심 생략이 되나요?

Q

몇 년 전 상가주택을 팔고 양도소득세를 신고했습니다. 나중에 알아보니 세무서는 1년 가까이 전에 이미 관련 자료를 갖고 있었는데, 그동안 저에게 아무 문의도 조사도 없었습니다. 그러다 부과제척기간 만료를 두 달쯤 앞두고 과세예고통지를 보내더니, 1주일 만에 수천만 원의 양도소득세 고지서를 보냈습니다. 제척기간이 3개월도 안 남았다는 이유로 과세전적부심사를 청구할 기회를 주지 않았는데, 이렇게 해도 되나요? 다툰다면 누가 무엇을 증명해야 하나요?

A
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세무서가 정당한 사유 없이 과세를 오래 미루다가 제척기간 만료가 임박해서야 과세예고통지를 했다면, 남은 기간이 3개월 이하라는 이유만으로 과세전적부심사 기회를 주지 않고 곧바로 과세한 것은 허용되는 예외가 아닙니다. 그 예외가 정당하다는 점은 세무서가 증명해야 합니다. 국세기본법 제81조의15 제1항은 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 등에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하도록 하고, 이를 과세예고통지라고 부릅니다. 제2항은 과세예고통지를 받은 사람이 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지 내용의 적법성에 관한 심사, 즉 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 정합니다. 다만 제3항 제3호는 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 않는다고 정합니다. 과세전적부심사는 세금을 고지하기 전에 통지 내용이 맞는지 따져 볼 수 있는 절차입니다. 같은 조 제4항에 따라 청구를 받은 세무서장 등은 국세심사위원회의 심사를 거쳐 청구를 받은 날부터 30일 이내에 결과를 알려야 하고, 제5항에 따라 청구가 이유 있으면 채택하거나 일부 채택하며, 사실 확인이 더 필요하면 재조사 결정을 할 수 있습니다. 고지 전에 이런 기회를 갖는 것이 납세자의 절차적 권리이므로, 이 기회를 빼앗은 처분은 세액이 맞는지와 별개로 절차가 문제 됩니다. 대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결은 과세예고통지를 하지 않거나 과세전적부심사 청구나 그 결정이 있기 전에 과세처분을 한 경우 그 처분은 원칙적으로 위법하다고 보았습니다. 또 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 게을리하여 제척기간 만료가 임박한 시점에 과세예고통지를 한 경우는 과세전적부심사 기회 없이 처분할 수 있는 예외사유에 해당하지 않으며, 제3호를 들어 과세전적부심사를 생략한 것이 절차상 정당하다는 점은 과세관청이 증명해야 한다고 판단했습니다. 질문하신 경우 세액이 수천만 원이므로 과세예고통지 대상이고, 통지 후 1주일 만에 고지해 과세전적부심사를 청구할 기회가 없었습니다. 세무서가 자료를 1년 가까이 갖고 있으면서 아무 조사도 하지 않았다면 늦어진 원인은 세무서 쪽에 있으므로, 남은 기간이 3개월 이하였다는 사정만으로는 예외에 해당하지 않습니다. 세무서가 늦어질 수밖에 없었던 정당한 사정을 증명하지 못하면 이 처분은 절차상 위법하다고 다툴 수 있습니다. 고지서를 받은 뒤의 불복 청구에는 법이 정한 기간이 있으니 미루지 마세요. 과세예고통지서와 고지서의 날짜, 양도소득세 신고서 사본, 세무서와 주고받은 연락 기록을 모아 두시고, 세무서가 언제 자료를 넘겨받았는지도 불복 과정에서 확인을 요청해 보시기 바랍니다. 양도소득세 계산 자체에도 다툴 점이 있다면 절차 문제와 함께 주장하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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