부당행위계산 부인은 법인에게 조세부담을 회피하거나 줄이려는 의도가 있어야만 적용되는 것이 아닙니다. 따라서 세금을 줄일 생각이 없었다는 사정만으로는 부인을 피할 수 없습니다. 쟁점은 계열사를 위한 채무보증과 대위변제가 경제적 합리성을 갖춘 거래였는지입니다. 법인세법 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면, 그 행위나 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 이때 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다고 정합니다. 대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결은 부당행위계산 부인에서 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니라고 판단했고, 계열사를 위한 채무보증과 그에 따른 대위변제 등 일련의 행위가 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위로서 부인 대상에 해당한다고 보았습니다. 또 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결은 경제적 합리성의 유무를 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 특수관계 없는 자 사이의 거래가격과 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려해야 한다고 보았습니다. 질문하신 경우 계열사는 특수관계인이고, 회사가 그 대출을 보증했다가 대신 갚은 것은 판결이 다룬 채무보증과 대위변제에 해당합니다. 회사가 조세회피 의도가 없었다고 주장하더라도 그것만으로 결론이 바뀌지 않습니다. 결국 이미 자본잠식 상태인 계열사에 보증 수수료도 받지 않고 보증을 선 일이 당시 사정에 비추어 합리적이었는지가 판단의 중심이 됩니다. 같은 조 제2항도 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래를 기준으로 삼으므로, 판단의 잣대는 회사의 속마음이 아니라 거래 조건입니다. 회사가 보증으로 얻는 사업상 이익이 분명하고 그 이익에 견주어 위험을 진 것이 합리적이었다는 사정을 보여 주지 못하면, 의도가 없었다는 주장만으로는 판단이 달라지지 않습니다. 대법원이 채무보증과 대위변제를 하나로 묶어 일련의 행위로 본 만큼, 보증을 선 시점과 대신 갚은 시점의 사정을 함께 살펴보게 됩니다. 보증을 서게 된 경위와 회사가 얻을 것으로 기대한 사업상 이익, 당시 계열사의 재무 상태 자료를 정리해 두세요. 세무서의 판단에 다툴 부분이 있는지 이 자료를 바탕으로 검토하시기 바랍니다. 보증 계약서와 대위변제 내역, 계열사에 대한 구상 청구 기록도 함께 보관해 두세요. 이런 자료가 경제적 합리성을 따지는 근거가 됩니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.