부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가에 대한 주장과 증명책임은 원칙적으로 세무서, 즉 과세관청에 있습니다. 따라서 세무서가 시가를 구체적인 근거로 제시하지 않은 채 법인에 적정 임대료라는 증명부터 요구하는 것은 이 원칙과 맞지 않습니다. 법인세법 제52조 제1항은 내국법인의 행위나 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 그 법인의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면, 세무서장 등이 그 계산과 관계없이 소득금액을 계산한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 이때 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가로 보고, 그 가격에는 임대료도 포함된다고 정합니다. 같은 조 제4항은 부당행위계산의 유형과 시가의 산정 등에 필요한 사항을 대통령령에 맡깁니다. 대법원 2018. 7. 20. 선고 2015두39842 판결은 이 제도가 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 않고 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우 과세권자가 이를 부인하고 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도라고 설명했습니다. 그리고 부당행위계산 부인이 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시했다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다고 보았습니다. 경제적 합리성은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려해 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 판단하되, 특수관계가 없는 사람 사이의 거래가격과 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려해야 한다고 했습니다. 그리고 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 대한 주장과 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 판단했습니다. 질문하신 경우 임대료가 시가보다 낮다는 점, 그리고 그 시가가 얼마인지는 세무서가 먼저 밝혀야 합니다. 세무서가 비교 대상 임대 사례나 산정 근거를 내놓지 못하면 부인의 기준이 서지 않습니다. 또 시가보다 낮다는 사정만으로 곧바로 부인되는 것이 아니라, 그 임대가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래인지도 함께 따져야 합니다. 다만 세무서가 근거를 제시하면 법인도 계약 당시 주변 시세를 반영해 정했다는 점으로 반박해야 하므로, 손을 놓고 있어서는 안 됩니다. 판결은 거래 당시의 특별한 사정도 고려하라고 했으므로, 층의 위치, 면적, 임대 조건처럼 임대료에 영향을 준 사정도 함께 설명하는 것이 좋습니다. 계약할 때 참고한 주변 상가 임대 시세 자료, 중개업소 확인 자료, 같은 건물 다른 층의 임대 사례, 임대차계약서를 정리해 두세요. 세무서에도 어떤 가격을 시가로 보는지 그 근거를 서면으로 밝혀 달라고 요청해 두면 이후 다툼에서 쟁점을 좁힐 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.