작은 음식점을 하는 개인사업자입니다. 신고는 빠짐없이 해 왔고 세금계산서나 지급명세서 같은 의무도 다 지켰는데, 얼마 전 개별 세무조사를 받았고 그 조사에서 나온 자료로 세금이 고지되었습니다. 나중에 세무서 설명을 들어 보니 정기선정에 따른 조사가 아니었고, 탈세 제보나 거래 내용이 사실과 다르다는 혐의, 탈루 혐의를 뒷받침할 자료가 있었던 것도 아니라고 합니다. 법이 정한 조사 대상 선정 사유 없이 받은 조사라면 그 결과로 나온 과세처분이 위법한가요?
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법이 정한 세무조사 대상 선정 사유가 없는데도 조사 대상으로 선정해 과세자료를 모으고 그 자료로 과세했다면, 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다는 것이 대법원 판단입니다. 질문하신 사정이 사실이라면 이 점을 들어 과세처분을 다툴 수 있습니다.
국세기본법 제81조의6 제2항은 세무공무원이 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위해 대상을 선정하는 정기선정의 경우로 국세청장의 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우, 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 않은 납세자의 신고 내용을 검증할 필요가 있는 경우, 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우를 들고, 객관적 기준에 따라 공정하게 선정하도록 정합니다. 같은 조 제3항은 정기선정 외의 조사 사유로 납세협력의무 불이행, 거래 내용이 사실과 다른 혐의, 구체적인 탈세 제보, 탈루나 오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료, 세무공무원에 대한 금품 제공을 듭니다.
대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결은 세무조사대상의 기준과 선정방식을 정한 국세기본법 규정이 마련된 이후에는 개별 세법이 정한 질문·조사권이 그 규정이 정한 요건과 한계 내에서만 허용된다고 보았습니다. 그리고 정해진 선정사유가 없는데도 세무조사대상으로 선정해 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어긴 것으로서 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 판단했습니다. 판결은 이 선정 기준 규정이 도입된 배경과 취지, 그리고 국세기본법의 해당 장과 개별 세법의 관계 등을 종합해 이렇게 보았습니다. 당시 이 선정 기준은 지금의 제81조의6에 해당하는 조문에 있었습니다.
질문하신 경우 정기선정에 따른 조사가 아니었고, 신고와 세금계산서·지급명세서 의무를 지켜 왔으며, 탈세 제보나 혐의 자료도 없었다고 합니다. 이 사실대로라면 제2항과 제3항이 정한 사유 어디에도 해당하지 않으므로, 판결에 따라 그 조사에서 얻은 자료에 기초한 과세처분은 위법하다고 주장할 수 있습니다. 다만 세무서가 다른 선정 사유를 내세울 수 있으므로, 어떤 사유로 선정했는지를 먼저 분명히 확인해야 합니다.
국세기본법 제61조 제1항과 제68조 제1항은 심사청구와 심판청구를 처분이 있음을 안 날, 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 90일 이내에 하도록 정하고, 같은 법 제55조 제3항은 국세청장이 처리하는 처분이 아니면 그에 앞서 이의신청을 할 수 있게 합니다. 세무서가 정기선정이었다고 하면 제2항 각 호 중 어느 것인지, 어떤 객관적 기준으로 뽑았는지 확인하세요. 세무조사 사전통지서, 세무서의 설명 내용을 적은 기록, 그동안의 신고서와 세금계산서·지급명세서 제출 내역을 정리해 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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