우리 회사는 거래처로부터 국외에서 제공되는 용역을 받으면서 10% 세율이 적힌 세금계산서를 받아 부가가치세 상당액을 지급하고 매입세액을 공제받아 왔습니다. 거래처는 처음에는 부가가치세를 냈는데 어느 때부터 체납했고, 우리는 그 사실을 모른 채 계속 부가가치세 상당액을 지급했습니다. 몇 년 뒤 거래처가 영세율로 수정세금계산서를 발급해 환급을 받는 바람에, 우리는 공제받은 매입세액과 함께 과소신고·납부지연 가산세까지 냈습니다. 가산세를 면할 정당한 사유가 될 수 있나요?
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될 수 있습니다. 공제받은 매입세액을 돌려낸 것 자체는 적법하지만, 가산세 부분은 단순히 법을 잘못 알았다는 이유만으로 정당한 사유를 부정할 수 없습니다. 거래처의 체납을 알거나 예견할 수 있었는지, 부가가치세 상당액을 지급하고도 스스로 공제를 받지 않기를 기대할 수 있었는지 등을 살펴 판단해야 한다는 것이 대법원 판단입니다.
부가가치세법 제22조는 국외에서 공급하는 용역에 영세율을 적용한다고 정하고, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호는 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 정합니다. 국세기본법 제47조 제1항은 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 가산세를 부과할 수 있다고 정하고, 같은 법 제48조 제1항 제2호는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않는다고 정하고, 같은 조 제3항은 감면 등을 신청할 수 있게 합니다.
대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결은 같은 구조의 사건에서, 국외공급 용역에 일반세율로 발급한 세금계산서를 영세율로 바로잡은 수정세금계산서는 적법하다고 보았습니다. 그러나 가산세에 대해서는 조세탈루 사실이 없는 경우 공급받는 자의 매입세액 공제는 부가가치세 집행기준 규정 등에 기초한 것이고, 공급자의 체납이 시작된 뒤에도 공급받는 자가 부가가치세 상당액을 계속 지급했다면 체납을 인식·예견하지 못했을 가능성이 있다고 했습니다. 그래서 이런 점을 심리하지 않고 단순한 법률의 부지나 오해라는 이유만으로 정당한 사유가 없다고 본 판단은 잘못이라고 했습니다.
질문하신 회사도 국외 용역에 10% 세금계산서를 받아 부가가치세 상당액을 지급하고 공제받았고, 거래처의 체납을 모른 채 계속 지급했습니다. 판결의 사안과 같은 구조이므로, 공제받은 매입세액을 돌려낸 부분은 다투기 어렵지만 가산세 부분은 정당한 사유를 주장할 수 있습니다. 결론은 체납을 알 수 있었는지, 스스로 공제를 받지 않기를 기대할 수 있었는지에 대한 사실 확인에 따라 달라집니다. 이미 대금과 함께 부가가치세 상당액을 치른 회사가 공제를 포기하기를 기대하기 어려웠다면 그 사정을 구체적으로 설명하는 것이 중요합니다.
거래처에 부가가치세 상당액을 지급한 날짜별 내역, 거래처가 처음에는 세금을 냈다고 볼 자료, 체납 사실을 알게 된 경위를 보여 주는 문서를 모아 두세요. 수정신고로 이미 낸 가산세라면 국세기본법 제45조의2 제1항이 정한 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 이를 거부하면 같은 법 제61조 제1항과 제68조 제1항에 따라 통지를 받은 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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