부정행위는 있었지만 줄어든 세금이 없다면, 부과제척기간은 10년인가요?

Q

기한 안에 종합소득세를 신고하면서, 실제로 쓴 경비인데 영수증을 잃어버려 다른 거래처 이름의 영수증을 만들어 대신 넣었습니다. 나중에 세무조사에서 그 경비는 실제 지출로 인정되어 그 때문에 줄어든 세금은 없었습니다. 그런데 신고기한이 지난 지 6년이 된 지금, 세무서가 그해에 부정행위가 있었으니 10년 제척기간이 적용된다며 다른 경비 항목을 업무와 관련 없는 비용으로 보아 세금을 더 매기겠다고 합니다. 이 경우에도 10년이 적용되는지 알고 싶습니다.

A
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기한 안에 신고서를 낸 경우에는 부정행위가 있었더라도 그 때문에 세금을 덜 내거나 환급·공제를 받지 않았다면 10년이 아니라 원칙대로 5년이 적용됩니다. 신고기한이 지난 지 6년이 되었다면 세무서가 그 과세기간 종합소득세를 더 부과할 수 있는 기간은 이미 끝났다고 보아야 합니다. 국세기본법 제26조의2 제1항은 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정합니다. 같은 조 제2항 제2호는 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 정합니다. 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항이 가리키는 조세범 처벌법 제3조 제6항은 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호)를 부정행위의 하나로 듭니다. 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 신고하는 국세의 경우 국세를 부과할 수 있는 날을 과세표준신고기한의 다음 날로 정합니다. 대법원 2025. 2. 27. 선고 2024두57262 판결은 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 부정행위를 했더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 않았다면 원칙으로 돌아가 부과제척기간은 5년이 된다고 판단했습니다. 또 신고납세방식의 국세에서 포탈이나 부정환급·부정공제가 있었는지는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단해야 한다고 했습니다. 질문하신 경우 다른 거래처 이름으로 영수증을 만든 것은 부정행위로 문제 될 수 있는 행위입니다. 그러나 그 경비는 실제 지출로 인정되어 그 행위로 줄어든 종합소득세 본세는 없었습니다. 세무서가 지금 문제 삼는 다른 경비 항목은 업무 관련성에 대한 판단의 차이일 뿐 그 부정행위로 줄어든 세금이 아니고, 세무서도 그 항목에 부정행위가 있었다고 하지는 않습니다. 따라서 그 과세기간 종합소득세에는 10년이 아니라 5년이 적용되고, 신고기한 다음 날부터 5년이 지난 지금은 더 부과할 수 없습니다. 같은 조 제2항 제1호의 7년도 신고서를 내지 않은 경우의 기간이므로 기한 안에 신고한 질문자에게는 해당하지 않습니다. 다만 같은 조 제2항 제3호는 납세자가 부정행위를 하여 정해진 가산세 부과대상이 되는 경우 그 가산세의 부과제척기간을 10년으로 따로 정하고 있으니, 본세와 가산세를 구분해 확인하세요. 세무조사 결과 통지서처럼 그 경비가 실제 지출로 인정되었다는 자료와 당시 신고서, 경비 지출 증빙을 보관해 두세요. 거짓 영수증에 적힌 금액과 실제로 지출한 금액이 같았다는 점을 보여 주는 송금 내역도 함께 챙겨 두면, 그 행위로 본세가 줄지 않았다는 점을 설명하기 쉽습니다. 또 세무서가 다른 항목에도 부정행위가 있었다고 주장한다면 그 사실관계를 따로 따져야 합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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