근로계약서 동의만으로 도입한 2주 탄력근로, 44시간 일한 주 연장수당 없나요?

Q

직원 30명 정도인 물류회사에 다니고 있습니다. 입사할 때 근로계약서에 '2주 단위 탄력적 근로시간제에 동의한다'는 문구가 있어 서명했는데, 회사 취업규칙에는 탄력적 근로시간제에 관한 규정이 전혀 없습니다. 2주 중 첫 주에는 44시간, 둘째 주에는 36시간을 일했는데 회사는 탄력근로라서 연장수당이 없다고 합니다. 개인 동의만으로 탄력적 근로시간제가 적법하게 도입된 것인지, 연장수당을 받을 수 있는지 알고 싶습니다.

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2주 단위 탄력적 근로시간제는 취업규칙으로만 도입할 수 있고, 근로계약서나 근로자 개인의 동의로는 도입할 수 없다는 것이 판례입니다. 취업규칙에 규정이 없다면 질문자께 적용되는 탄력적 근로시간제는 적법하게 도입되지 않은 것이므로, 첫 주에 1주 40시간을 넘겨 일한 4시간은 연장근로로 보아 가산수당을 청구할 수 있습니다. 근로기준법 제50조 제1항은 1주 근로시간이 휴게시간을 제외하고 40시간을 넘을 수 없다고 정합니다. 제51조 제1항은 사용자가 취업규칙(취업규칙에 준하는 것을 포함)에서 정하는 바에 따라 2주 이내의 단위기간을 평균하여 1주 40시간을 넘지 않는 범위에서 특정한 주에 40시간을 넘겨 근로하게 할 수 있고, 특정한 주는 48시간을 넘을 수 없다고 정합니다. 제53조 제1항은 당사자 합의로 1주 12시간을 한도로 제50조의 근로시간을 연장할 수 있다고 정하고, 제56조 제1항은 연장근로에 통상임금의 100분의 50 이상을 가산해 지급하도록 정합니다. 대법원 2023. 4. 27. 선고 2020도16431 판결은 이 조항과 같은 내용인 개정 전 제51조 제1항의 탄력적 근로시간제가 1주와 1일의 기준근로시간을 넘는 소정근로시간을 정할 수 있게 한 예외이므로, 법률이 정한 방식인 취업규칙으로만 도입할 수 있고 근로계약이나 근로자의 개별적 동의로는 도입할 수 없다고 했습니다. 개별 동의로 도입할 수 있다면 취업규칙을 불리하게 바꿀 때 근로자 과반수 노동조합이나 근로자 과반수의 동의를 받도록 한 제94조 제1항 단서의 취지가 무색해진다는 이유였습니다. 질문하신 회사는 근로계약서의 동의 문구만 있고 취업규칙에는 규정이 없으므로, 판례에 따르면 2주 단위 탄력적 근로시간제가 적법하게 도입되지 않았습니다. 그러면 근로시간은 제50조 제1항의 1주 40시간 기준으로 따지게 되고, 첫 주의 44시간 중 40시간을 넘은 4시간은 연장근로가 됩니다. 둘째 주에 36시간만 일했다는 사정으로 첫 주 초과분을 평균해 없애는 계산은 탄력적 근로시간제가 적법하게 도입된 경우에만 가능합니다. 4시간은 제53조 제1항의 1주 12시간 한도 안이지만, 연장근로인 이상 제56조 제1항의 가산수당은 지급되어야 합니다. 회사가 앞으로 이 제도를 쓰려면 취업규칙에 그 내용을 정해야 하고, 이것이 근로자에게 불리한 변경이라면 제94조 제1항 단서의 동의 절차를 거쳐야 합니다. 출퇴근 기록, 근무표, 근로계약서와 취업규칙 사본, 급여명세서를 보관해 두십시오. 회사에 연장수당 지급을 요청하고, 해결되지 않으면 관할 지방고용노동관서에 진정하는 방법도 있습니다. 근로계약서의 동의 문구는 판례상 탄력적 근로시간제를 도입하는 근거가 되지 못하므로, 회사가 그 문구를 내세우더라도 취업규칙에 규정이 있는지를 먼저 확인해 달라고 요청하십시오. 구체적인 사안은 노무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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