다시 당좌대출이자율을 선택했다면 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용해야 합니다. 처음 선택했을 때만 3년간 묶이는 것이 아니므로, 중간에 가중평균차입이자율로 바꿀 수 없습니다. 법인세법 제52조 제1항은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 그 행위나 계산과 관계없이 소득금액을 계산하도록 하고, 같은 조 제2항은 이때 시가를 기준으로 한다고 정합니다. 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 금전을 무상 또는 시가보다 낮은 이율로 대부한 경우를 그 유형으로 듭니다. 같은 영 제89조 제3항 본문은 금전 대여의 시가를 가중평균차입이자율로 하되, 제2호는 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다고 정합니다. 대법원 2023. 10. 26. 선고 2023두44443 판결은 이 규정의 취지가 납세편의를 위해 시가 선택권을 주되, 일단 선택하면 일정 기간 그 시가를 의무적으로 적용하게 하여 조세회피를 막는 데 있다고 했습니다. 그래서 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도에는 가중평균차입이자율을 적용할 수 없고, 그 뒤 사업연도에는 원칙으로 돌아가 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 다시 당좌대출이자율을 선택하면 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 다시 당좌대출이자율을 적용해야 한다고 판단했습니다. 최초로 선택한 경우에만 이 규정이 적용되는 것이 아니라는 것입니다. 현행 제89조 제3항 제2호도 법인세 신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 선택하면 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도에 당좌대출이자율을 적용하는 같은 구조를 두고 있습니다. 질문하신 법인은 처음 선택한 3개 사업연도가 끝난 뒤 가중평균차입이자율로 돌아갔다가 최근 신고 때 다시 당좌대출이자율을 선택했습니다. 따라서 다시 선택한 사업연도부터 3개 사업연도 동안은 당좌대출이자율로 인정이자를 계산해야 하고, 그 기간 중간에 가중평균차입이자율로 바꿀 수 없습니다. 이 기간이 끝난 뒤에는 다시 원칙인 가중평균차입이자율이 적용됩니다. 시행령 제88조 제3항은 제1항 제6호 등을 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다고 정하고, 제89조 제5항은 부당행위계산에 해당하면 시가와의 차액 등을 익금에 산입하도록 합니다. 또 제89조 제3항 제1호와 제1호의2는 가중평균차입이자율을 적용할 수 없는 사유가 있거나 대여기간이 5년을 초과하는 대여금 등 법령이 정한 경우에는 해당 대여금에 한정해 당좌대출이자율을 시가로 한다고 따로 정합니다. 선택한 사업연도를 확인할 수 있도록 각 연도 신고서와 이자율 선택 내역을 보관해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.