작은 제조 법인을 운영하고 있습니다. 법인세를 기한 안에 신고했는데, 그 뒤 세무서가 다른 비용 항목을 문제 삼아 세액을 늘려 고지했고 저희는 다투지 않고 그대로 냈습니다. 고지를 받은 지 1년이 넘어 불복할 수 있는 기간도 이미 지났습니다. 그런데 장부를 다시 보니 처음 신고할 때 실제로 쓴 외주가공비 일부를 빠뜨려 세금을 더 많이 신고한 사실을 알게 됐습니다. 법정신고기한이 지난 지는 3년 정도입니다. 증액 고지에 불복하지 않았어도 처음 신고분에 대해 경정청구를 할 수 있는지, 거부되면 소송에서 세무서가 늘린 부분까지 다툴 수 있는지 궁금합니다.
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증액 고지에 불복하지 않았더라도, 법정신고기한이 지난 후 5년 안이라면 처음 신고한 세액이 많았다는 이유로 경정청구를 할 수 있습니다. 다만 거부처분 취소소송에서 세무서가 늘린 부분의 잘못까지 주장할 수는 있어도, 증액 처분의 불복기간이 이미 지났으므로 취소를 구할 수 있는 범위는 처음 신고한 세액이 한도입니다.
국세기본법 제45조의2 제1항 본문과 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있다고 정합니다. 같은 항 단서는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 정합니다.
대법원 2024. 6. 27. 선고 2021두39997 판결은 법정신고기한 내에 신고한 납세자가 그 뒤 과세관청의 결정이나 경정에 대하여 불복기간 안에 다투지 않았더라도 5년의 경정청구기간 안에서는 경정청구권을 행사하는 데 아무런 영향이 없다고 보았습니다. 또 감액경정청구 거부처분 취소소송에서 당초 신고의 과다신고사유뿐 아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 했습니다. 다만 증액경정처분에 대한 불복기간이 지난 경우에는 위 단서에 따라 경정으로 증가된 과세표준 및 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로만 취소를 구할 수 있다고 판단했습니다.
질문하신 경우 법정신고기한이 지난 지 3년 정도이므로 5년 안에 있습니다. 처음 신고 때 실제로 쓴 외주가공비를 빠뜨려 세액을 많이 신고했다면 경정청구 사유에 해당하고, 증액 고지를 다투지 않았다는 사정은 이 청구에 영향을 주지 않습니다. 반면 증액 처분의 불복기간과 단서의 3개월이 모두 지났으므로, 세무서가 늘린 부분은 따로 취소를 구할 수 없습니다. 경정청구가 거부되어 소송으로 가더라도 세무서가 문제 삼은 항목이 잘못됐다는 주장은 할 수 있지만, 돌려받을 수 있는 범위는 처음 신고한 세액 안으로 제한됩니다. 예를 들어 처음 신고한 세액이 1억 원이고 세무서가 3천만 원을 늘렸다면, 취소를 구할 수 있는 범위는 처음 신고한 1억 원 안에서 정해지고 늘어난 3천만 원 부분은 취소를 구할 수 없습니다.
경정청구를 받은 세무서장은 같은 조 제3항에 따라 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나 그 이유가 없다는 뜻을 통지하여야 하고, 같은 항 단서는 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못하면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 등을 할 수 있다고 정합니다. 빠뜨린 외주가공비의 세금계산서, 계약서, 대금 지급 내역을 모아 그 비용이 해당 사업연도에 속한다는 점을 정리해 두세요. 5년 기간이 끝나기 전에 청구해야 한다는 점도 놓치지 마세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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