지배주주인 임원에게 준 보수가 직무집행의 정상적인 대가라기보다 주로 법인에 쌓인 이익을 나눠 주려고 보수의 형식을 취한 것이라면, 이익처분에 의한 상여금과 실질이 같아 손금에 산입할 수 없습니다. 이런 사정이 상당한 정도로 증명되면 보수 전체가 손금불산입 대상이 되고, 그중 직무집행의 대가가 들어 있다는 점은 법인이 증명해야 합니다. 법인세법 제19조 제1항은 잉여금의 처분 등을 제외하고 순자산을 감소시키는 거래로 생기는 손비를 손금으로 정하고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액을 손금에 산입하지 아니한다고 정합니다. 법인세법 시행령 제43조 제1항은 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 손금에 산입하지 아니한다고 정합니다. 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결은 임원 보수가 원칙적으로 손금이지만, 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원 포함)에게 준 보수가 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 다른 임원이나 동종업계 임원 보수와의 현저한 격차, 정기적·계속적 지급 가능성, 보수의 증감 추이와 영업이익 변동의 연관성, 다른 주주에 대한 배당 여부, 소득을 부당하게 줄이려는 의도 등을 종합할 때 주로 이익을 분여하기 위한 것이라면 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보았습니다. 또 그런 사정이 상당한 정도로 증명된 경우 보수금 전체를 손금불산입 대상으로 보고, 직무집행의 대가가 일부 포함되어 손금산입 대상이라는 점은 자료를 내기 쉬운 납세의무자가 증명할 필요가 있다고 판단했습니다. 질문하신 경우 보수가 영업이익의 대부분을 차지하고, 영업이익 규모에 맞춰 해마다 크게 바뀌었으며, 다른 이사나 같은 업종 대표보다 훨씬 많고, 배당은 거의 없었습니다. 판결이 든 사정들이 여럿 겹쳐 있어, 세무서가 이를 상당한 정도로 증명하면 일부가 아니라 보수 전체가 손금불산입 대상이 됩니다. 이때 그중 실제로 일한 대가가 얼마인지는 법인 쪽에서 밝혀야 합니다. 판결은 보수라는 형식이 아니라 실질을 보므로, 이사회 결의를 거쳐 보수로 지급했다는 사정만으로는 손금이 보장되지 않습니다. 세무서가 판결이 든 사정을 상당한 정도로 증명하지 못한다면 보수는 원칙대로 손금이 됩니다. 그러므로 대표로서 맡은 업무 범위, 근무 시간과 성과, 보수 산정 기준과 이사회 의사록, 비슷한 규모 회사 대표의 보수 수준 같은 자료를 정리해 두세요. 이익과 상관없이 정기적으로 지급되던 기본 보수 부분이 있다면 그 산정 경위를 보여 주는 것이 직무 대가를 증명하는 데 도움이 됩니다. 다른 임원과의 업무 분담 내용, 보수 산정 기준을 미리 정해 두고 그에 따라 지급했다는 기록도 함께 준비하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.