예전에 종합소득세 세무조사를 받고 마무리된 과세기간이 있는데, 최근 세무서가 같은 과세기간의 종합소득세를 다시 조사한 뒤 추가로 세금을 고지했습니다. 세무서는 이번에 다시 조사하면서 얻은 자료가 아니라 처음 조사 때 이미 있던 자료만으로도 같은 세금을 매길 수 있었으니 문제없다고 합니다. 재조사가 금지되는 경우라면, 재조사에서 얻은 자료를 쓰지 않았다는 이유로 과세가 적법해지는지 궁금합니다.
로시컴 세무정보 LAWSEE.COM
같은 세목과 같은 과세기간에 대한 재조사가 법이 허용하는 예외에 해당하지 않아 금지되는 경우라면, 그 재조사에 기초한 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법합니다. 세무서가 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았다거나 그 자료 없이도 같은 과세가 가능했다는 사정으로 달라지지 않는다는 것이 대법원 판단입니다.
국세기본법 제81조의4 제1항은 세무공무원이 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따라 조사하는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 알선한 경우, 부분조사 후 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우와 이와 유사한 대통령령으로 정하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 정합니다.
대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결은 재조사가 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해하고 세무조사권 남용으로 이어질 우려가 있어, 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 이를 위반하면 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 있다고 보았습니다. 그래서 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 삼지 않았거나 이를 배제하고도 같은 과세처분이 가능한 경우에도 마찬가지라고 판단했습니다.
질문하신 경우 먼저 이번 조사가 제2항이 정한 예외 사유에 근거한 것인지 확인해야 합니다. 예외에 해당하지 않는 재조사였다면, 기존 자료만으로도 같은 세금을 매길 수 있었다는 세무서의 설명은 판결에 비추어 과세처분을 적법하게 만드는 이유가 되지 못합니다. 판결은 재조사로 얻은 자료를 썼는지가 아니라 금지된 재조사를 거쳤다는 절차 자체를 중대한 하자로 보았기 때문입니다. 반대로 예외 사유에 해당하는 재조사였다면 이 법리는 문제 되지 않습니다.
조사 때 받은 통지 문서와 조사 결과 문서에 적힌 조사 사유, 조사 대상 세목과 과세기간, 처음 조사의 결과 문서를 함께 모아 두 조사의 범위가 겹치는지 비교해 두세요. 세무서가 어떤 예외 사유로 다시 조사했는지 서면으로 확인해 두는 것도 다툴 때 중요한 자료가 됩니다. 처음 조사가 끝난 뒤 받은 결과 문서는 같은 과세기간에 이미 조사가 있었다는 점을 보여 주는 기본 자료이므로 꼭 보관하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
이 사례로 세무사에게 상담하기