질문하신 사정이라면 회사에 부정행위를 이유로 중과세율을 적용한 과소신고가산세는 매길 수 없지만, 법인세 부과제척기간은 10년으로 연장된다는 것이 대법원 전원합의체 판단입니다. 국세기본법 제26조의2 제1항은 부과제척기간을 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정합니다. 같은 조 제2항 제2호는 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(부정행위)로 국세를 포탈한 경우 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년을 부과제척기간으로 정합니다. 같은 법 시행령 제12조의2 제1항은 이 부정행위를 조세범 처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위로 정하고, 같은 항은 장부의 거짓 기장, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐 등으로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 듭니다. 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호는 부정행위로 과소신고한 경우 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래는 100분의 60)을 가산세로 정합니다. 대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결은 먼저, 장기 부과제척기간과 중과되는 과소신고가산세에서 말하는 부정한 행위에는 특별한 사정이 없는 한 납세자가 업무를 맡긴 대리인이나 사용인, 그 밖의 종업원의 부정한 행위도 포함된다고 보았습니다. 다만 납세자가 이들의 부정한 행위를 막기 위해 상당한 주의 또는 관리·감독을 게을리하지 않았다면 두 제도 모두 적용할 수 없다고 했습니다. 이어 판결은 법인의 대표자나 실질적으로 경영하면서 사실상 대표하는 자가 아닌 사용인 등의 부정한 행위가 납세자의 이익이나 의사에 반해 자기 또는 제3자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 일환으로 행해지고, 거래 상대방이 가담하는 등으로 납세자가 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있으면, 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 보았습니다. 그러나 장기 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이러한 배임적 부정행위도 부정한 행위에 포함되어 10년으로 연장된다고 판단했습니다. 판결은 납세자에게 선임, 관리·감독상의 과실은 있었으나 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 경우를 이렇게 정리했습니다. 질문하신 경우 행위자는 대표나 실질 경영자가 아닌 직원이고, 회사를 피해자로 삼아 회사 돈을 빼돌렸으며, 거래처가 가담해 회사가 쉽게 알아채거나 예상할 수 없었습니다. 입금 계좌 관리가 허술했던 과실이 있더라도 판결이 다룬 사안과 같은 구조이므로, 중과세율의 과소신고가산세는 부과할 수 없고 법인세 부과제척기간은 10년이 적용됩니다. 즉 세무서는 원칙적인 5년이 아니라 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년 동안 빠진 법인세를 부과할 수 있습니다. 이 결론은 행위자가 대표자나 실질 경영자가 아니라는 점, 회사를 피해자로 한 범행이라는 점, 거래처 가담 등으로 회사가 쉽게 알 수 없었다는 점이 모두 갖추어졌을 때의 것입니다. 이 가운데 하나라도 달라지면 판결의 결론을 그대로 쓸 수 없습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.