법인세 취소소송 중 세무서가 처분 때 없던 새 자료를 내도 되나요?

Q

회사가 법인세 부과처분 취소소송을 진행하고 있습니다. 그런데 소송 도중에 세무서가 처분할 때에는 근거로 삼지 않았던 새로운 자료를 내면서, 처분에서 인정한 과세표준과 세액이 정당하다고 주장합니다. 처분의 이유를 바꾸는 것은 아니고, 같은 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료만 새로 낸 것입니다. 아직 사실심 변론이 끝나지 않았는데, 세무서가 이런 새 자료를 낼 수 있는지, 법원은 처분 당시의 자료만으로 판단해야 하는 것은 아닌지 궁금합니다.

A
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과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로, 세무서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출할 수 있다는 것이 대법원 판단입니다. 질문하신 경우 세무서가 낸 새 자료도 사실심 변론종결 전이라면 제출할 수 있고, 법원이 처분 당시의 자료만으로 판단해야 하는 것은 아닙니다. 행정소송법 제19조는 취소소송은 처분등을 대상으로 한다고 정합니다. 법인세 부과처분 취소소송은 이 조항에 따라 법인세 부과처분을 대상으로 그 적법 여부를 다투는 소송입니다. 대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결은 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부라고 보았습니다. 그래서 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출할 수 있고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하는 것은 아니라고 판단했습니다. 질문하신 경우 세무서는 처분의 이유를 바꾸지 않고, 처분에서 인정한 같은 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료를 새로 냈습니다. 그리고 아직 사실심 변론이 끝나지 않았습니다. 판결이 다룬 사건도 법인세 등 부과처분 취소소송이었습니다. 판결이 말한 범위 안에 있으므로 세무서는 이 자료를 제출할 수 있고, 법원도 처분 당시의 자료에만 묶여 판단하지 않습니다. 판결은 이 점을 과세관청이 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단받아야 하는 것은 아니라는 말로 분명히 했습니다. 시점의 한계는 사실심 변론종결시까지입니다. 소송 도중에 나온 자료라는 이유만으로 그 자료를 판단에서 빼야 하는 것은 아니라는 뜻입니다. 이 판결의 출발점은 소송에서 다투는 것이 정당한 세액이 객관적으로 얼마인지라는 점입니다. 취소소송에서 판단하는 것은 세무서가 처분할 때 어떤 자료를 보았는지가 아니라 처분에서 정한 과세표준과 세액이 객관적으로 정당한지이므로, 그 정당성을 뒷받침하는 자료라면 처분 뒤에 제출된 것이라도 사실심 변론종결시까지는 낼 수 있다는 것입니다. 새 자료가 제출되면 회사도 그 자료가 처분에서 인정한 과세표준과 세액을 실제로 뒷받침하는지를 소송에서 다툴 수 있습니다. 새 자료를 낼 수 있다는 것과 그 자료로 처분이 정당하다고 인정되는지는 별개의 문제이며, 후자는 법원이 증거를 보고 판단합니다. 또한 이 판결의 해당 부분은 처분의 이유를 바꾸지 않고 같은 과세표준과 세액을 뒷받침하는 자료를 내는 경우에 관한 것입니다. 세무서가 처분의 이유 자체를 바꾸는 경우는 질문하신 사안에 해당하지 않으므로 여기서 다루지 않았습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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