제 사업이 부가가치세 면세사업이라고 알고 면세사업자로 등록을 신청했고, 세무서는 면세사업자등록증을 내주었습니다. 이후 몇 년 동안 면세사업자로서 신고했고 세무서도 그대로 받아 주었습니다. 그런데 세무서가 이제 와서 이 사업이 과세사업이라며 부가가치세를 부과했습니다. 등록증을 내주고 몇 년간 면세 신고를 받아 준 것이 세금을 매기지 않겠다는 공적인 견해표명이어서 신의성실 원칙에 어긋나는 과세인지 궁금합니다.
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과세관청이 면세사업자등록증을 교부하고 수년간 면세사업자로서 한 신고를 받은 행위만으로는, 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다는 것이 대법원 판단입니다. 따라서 그 사정만으로는 신의성실 원칙을 들어 부가가치세 과세를 막을 수 없습니다.
국세기본법 제15조는 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 하고, 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다고 정합니다. 부가가치세법 제8조 제1항은 사업자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 정합니다. 같은 조 제7항은 신청을 받은 사업장 관할 세무서장은 사업자등록을 하고, 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증을 발급하여야 한다고 정합니다.
대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두9370 판결은 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 신의성실의 원칙이 적용되려면 적어도 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 명시적 또는 묵시적으로 표명하여야 한다고 보았습니다. 그리고 부가가치세법상 사업자등록은 과세관청이 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하게 하려는 데 취지가 있는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 등록신청서를 제출함으로써 성립하고, 사업자등록증의 교부는 그 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다고 했습니다. 그래서 면세사업자등록증을 교부하고 수년간 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다고 판단했습니다.
판결에 따르면 질문자님의 면세사업자 등록 신청도 단순한 사업사실의 신고입니다. 질문하신 경우 세무서가 한 일은 면세사업자등록증을 내준 것과 몇 년간 면세사업자로서 한 신고를 받아 준 것입니다. 판결에 따르면 등록증의 교부는 등록사실을 증명하는 증서의 교부에 불과하고, 신고를 받아 준 것을 더해도 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명이 되지 않습니다. 신의성실 원칙이 적용되기 위한 전제인 공적인 견해표명이 없으므로, 이 사정만으로는 부가가치세 과세가 신의성실 원칙에 어긋난다고 할 수 없습니다. 이 판단은 사업이 실제로 과세사업인지 면세사업인지를 정한 것이 아니라, 등록증 교부와 신고 수리가 공적인 견해표명인지에 관한 것입니다.
현행 부가가치세법 제8조도 제1항에서 사업자가 등록을 신청하도록 하고, 제7항에서 신청을 받은 세무서장이 사업자등록을 하고 등록증을 발급하도록 정합니다. 판결은 사업자등록증의 교부를 등록사실을 증명하는 행위로 보았고, 과세 여부에 관한 세무서의 견해를 밝힌 것으로 보지 않았습니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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