전액을 마지막 회사의 손금으로 처리할 수는 없습니다. 특수관계인인 법인에서 근무한 기간을 합산해 퇴직급여를 지급하면 그 퇴직급여상당액을 각 법인별로 나누어 손금에 산입합니다. 원천징수와 지급명세서 제출은 마지막으로 근무한 법인이 한꺼번에 할 수 있습니다. 법인세법 시행령 제44조 제1항은 법인이 임원 또는 직원에게 지급하는 퇴직급여는 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 손금에 산입한다고 정합니다. 같은 조 제3항은 법인이 임원(지배주주등 및 지배주주등과 특수관계에 있는 자는 제외) 또는 직원에게 해당 법인과 특수관계인인 법인에 근무한 기간을 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 해당 퇴직급여상당액을 각 법인별로 안분하여 손금에 산입한다고 정합니다. 이 경우 그 임원 또는 직원이 마지막으로 근무한 법인은 해당 퇴직급여에 대한 소득세법에 따른 원천징수 및 지급명세서의 제출을 일괄하여 이행할 수 있다고 정합니다. 질문하신 직원은 임원이 아닌 일반 직원이므로 제3항 괄호의 지배주주등 제외 규정은 문제되지 않습니다. 또 특수관계에 있는 계열 법인과 귀사에서 근무한 기간 10년을 합산해 퇴직금을 지급했으므로 제3항이 적용됩니다. 따라서 귀사가 지급한 퇴직금 전액을 귀사 한 곳의 손금으로 하는 것이 아니라, 재정경제부령이 정하는 방법에 따라 두 법인별로 안분한 금액을 각 법인의 손금으로 산입합니다. 귀사의 손금은 그중 귀사에 안분되는 몫입니다. 만약 퇴직자가 지배주주등이거나 지배주주등과 특수관계에 있는 임원이었다면 제3항 괄호에 따라 이 안분 규정이 적용되지 않습니다. 또 임원의 퇴직급여는 같은 조 제4항이 정한 한도를 넘으면 손금에 산입하지 않는데, 이 한도는 임원에게만 적용되므로 일반 직원인 질문의 경우와는 관계가 없습니다. 여기서 퇴직급여는 제1항 괄호에 따라 근로자퇴직급여 보장법에서 정한 퇴직급여 제도의 급여를 말합니다. 퇴직금을 실제로 지급한 곳이 귀사 한 곳이더라도, 제3항은 누가 지급했는지가 아니라 그 퇴직급여상당액을 각 법인별로 나누어 손금에 넣도록 정하고 있습니다. 원천징수와 지급명세서 제출은 제3항 후단에 따라 마지막으로 근무한 귀사가 10년분 퇴직급여 전체에 대해 일괄하여 이행할 수 있습니다. 원천징수를 한 곳에서 처리할 수 있다는 것과 손금을 각 법인이 나누어 산입한다는 것은 서로 다른 문제이므로 함께 정리해야 합니다. 주의할 점은 퇴직급여의 손금 산입이 제1항에 따라 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한한다는 것입니다. 질문처럼 직원이 퇴사하면서 지급한 퇴직금은 이 요건을 갖춥니다. 각 법인에 얼마씩 안분하는지는 제3항이 위임한 재정경제부령이 정하는 방법에 따릅니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.