네, 세무조사결정 자체도 항고소송의 대상이 된다는 것이 대법원 판단입니다. 따라서 조사가 끝나고 과세처분이 나올 때까지 기다리지 않고 세무조사결정을 대상으로 취소소송을 낼 수 있습니다. 다만 이번 조사가 법이 허용하는 재조사에 해당하는지는 소송에서 따로 판단됩니다. 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무공무원이 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 안 된다고 정합니다. 같은 조 제2항은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 등 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 정합니다. 그 밖의 예외로는 법이 정한 재조사 결정에 따라 결정서 주문에 기재된 범위에서 조사하는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 알선한 경우, 부분조사를 실시한 후 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우가 있습니다. 행정소송법 제19조는 취소소송은 처분등을 대상으로 한다고 정하고, 제2조 제1항 제1호가 처분등의 뜻을 정합니다. 대법원 2011. 3. 10. 선고 2009두23617 판결은 세무조사결정이 있으면 납세의무자는 세무공무원의 질문에 대답하고 검사를 수인할 법적 의무를 부담한다는 점을 들었습니다. 또 같은 세목과 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 권익을 심각하게 침해하고 자의적인 세무조사의 위험이 있어 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다고 보았습니다. 조사 종료 후의 과세처분만 다투게 하기보다 세무조사결정을 먼저 다투게 하는 것이 분쟁을 조기에 근본적으로 해결할 수 있다는 점도 들었습니다. 이를 종합해 세무조사결정은 납세의무자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 공권력의 행사로서 항고소송의 대상이 된다고 판단했습니다. 질문하신 경우 세무서는 이미 조사를 마친 과세기간에 대해 다시 세무조사를 하겠다고 사전통지를 했습니다. 판결에 따르면 이런 세무조사결정은 그 자체로 취소소송의 대상이 되므로, 과세처분을 기다리지 않고 세무조사결정의 위법을 다툴 수 있습니다. 이때 쟁점은 이번 조사가 제81조의4 제2항 각 호의 예외에 해당하는지입니다. 국세기본법 제81조의7 제1항은 세무공무원이 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 납세자에게 통지하도록 정합니다. 받은 사전통지서에는 이번 조사의 사유가 적혀 있어야 하므로, 그 사유가 제81조의4 제2항의 어느 경우에 해당한다고 하는지가 다툼의 출발점이 됩니다. 재조사가 허용되는 경우에도 제81조의4 제3항에 따라 세무공무원은 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구해야 하고, 조사대상 세목과 과세기간의 과세표준과 세액 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 안 됩니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.