몇 년 전 산 상가 건물의 취득세에 대해 구청 세무조사를 받고 마무리됐습니다. 최근 구청에서 같은 취득세, 같은 과세연도에 대해 다시 세무조사를 하겠다는 연락이 왔습니다. 세무조사대응을 하려는데 이미 조사받은 같은 세목과 연도를 또 조사할 수 있는지, 다시 조사할 수 있는 경우는 어떤 때인지 알고 싶습니다.
지방세도 같은 세목과 같은 과세연도에 대한 재조사는 원칙적으로 금지됩니다. 법이 정한 예외 사유가 있을 때에만 다시 조사할 수 있습니다. 따라서 구청이 어떤 사유로 재조사를 하려는 것인지가 핵심입니다.
지방세기본법 제80조 제1항은 지방자치단체의 장이 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 안 된다고 정합니다. 같은 조 제2항은 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다고 정합니다. 그 경우는 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 법이 정한 재조사 결정에 따라 조사하는 경우, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 알선한 경우, 부분조사 후 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우입니다.
지방세기본법 시행령 제52조는 대통령령으로 정하는 경우로 지방세에 관한 범칙사건을 조사하는 경우, 세무조사 중 서면조사만 하였으나 경정을 다시 할 필요가 있는 경우, 각종 과세정보의 처리를 위한 재조사나 지방세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우를 듭니다. 이처럼 재조사가 허용되는 경우는 법령이 하나하나 정하고 있고, 부분조사 후의 조사도 앞선 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우로 한정됩니다.
질문하신 경우 같은 취득세와 같은 과세연도에 대해 이미 세무조사를 받았으므로, 구청이 다시 조사하려면 위 예외 가운데 하나에 해당해야 합니다. 지방세기본법 제83조 제1항은 세무조사를 할 때 조사를 시작하기 20일 전까지 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유 등을 알리도록 정하고 있으므로, 통지에 적힌 조사 사유가 제80조 제2항의 어느 경우에 해당한다고 하는지 살펴볼 수 있습니다. 제83조 제1항 단서는 사전에 알리면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에만 사전통지를 생략할 수 있게 합니다. 예외 사유가 무엇인지에 따라 재조사가 허용되는지가 갈리므로, 재조사의 적법성은 그 사유가 실제로 있는지에 달려 있습니다.
재조사가 허용되는 경우에도 제80조 제3항에 따라 세무공무원은 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구해야 하고, 조사대상 세목과 과세연도의 과세표준과 세액 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 안 됩니다. 같은 조 제4항은 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 해서는 안 된다고 정합니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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