지방국세청장의 조사에 따라 과세처분을 한 경우 이의신청은 관할 지방국세청장에게 해야 합니다. 다만 세무서장에게 낸 이의신청도 관할 지방국세청장에게 한 것으로 보므로, 세무서에 냈다는 이유만으로 신청이 무효가 되지는 않습니다. 국세기본법 제55조 제3항은 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 처분 등을 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이의신청을 할 수 있다고 정합니다. 국세기본법 제66조 제1항 본문은 이의신청을 해당 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 하도록 정합니다. 그런데 같은 항 단서는 제1호의 지방국세청장의 조사에 따라 과세처분을 한 경우에는 관할 지방국세청장에게 하여야 하며, 세무서장에게 한 이의신청은 관할 지방국세청장에게 한 것으로 본다고 정합니다. 같은 조 제2항은 세무서장이 이의신청의 대상이 된 처분이 지방국세청장이 조사·결정 또는 처리하였거나 하였어야 할 것인 경우에는 이의신청을 받은 날부터 7일 이내에 신청서에 의견서를 첨부하여 지방국세청장에게 송부하고 그 사실을 이의신청인에게 통지하도록 정합니다. 같은 조 제3항은 지방국세청장에게 하는 이의신청을 받은 세무서장은 받은 날부터 7일 이내에 신청서에 의견서를 첨부하여 지방국세청장에게 송부하도록 정합니다. 같은 조 제4항은 이의신청을 받은 지방국세청장이 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정하도록 하고, 제7항은 결정을 이의신청을 받은 날부터 30일 이내에 하되 이의신청인이 송부받은 의견서에 대하여 그 기간 내에 항변하면 60일 이내에 하도록 정합니다. 질문하신 경우는 지방국세청 조사국의 조사 결과에 따라 세무서가 법인세를 고지한 경우이므로, 제66조 제1항 단서 제1호에 따라 관할 지방국세청장에게 이의신청을 해야 합니다. 신청서를 세무서에 냈더라도 같은 단서에 따라 지방국세청장에게 한 것으로 보고, 세무서장이 의견서를 붙여 지방국세청장에게 보내게 됩니다. 같은 조 제8항에 따라 신청서나 의견서를 받은 지방국세청장은 지체 없이 처분의 근거·이유 등을 구체적으로 적은 의견서를 이의신청인에게 보내야 하므로, 이를 받아 보고 결정기간 안에 항변할 수 있습니다. 기한에도 주의하셔야 합니다. 제66조 제6항이 준용하는 제61조 제1항에 따라 이의신청은 처분이 있음을 안 날, 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 90일 이내에 해야 합니다. 이의신청 결정에 불복해 심사청구를 하려면 제61조 제2항에 따라 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 해야 하고, 제66조 제7항의 결정기간 내에 통지를 받지 못하면 그 결정기간이 지난 날부터 90일 이내에 할 수 있습니다. 또 이의신청은 선택 절차이고, 제56조 제2항에 따라 행정소송은 심사청구 또는 심판청구와 그 결정을 거쳐야 제기할 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.