네, 세무조사는 납세자의 사업과 관련해 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합해 실시하는 것이 원칙입니다. 다만 법이 정한 경우에는 특정 세목만 조사할 수 있고, 일정한 사유가 있으면 필요한 부분에 한정한 부분조사도 할 수 있습니다. 국세기본법 제81조의11 제1항은 세무조사를 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 이 원칙에도 불구하고 특정한 세목만을 조사할 수 있는 경우로 세 가지를 듭니다. 제1호는 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려해 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우, 제2호는 조세채권의 확보 등을 위해 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우, 제3호는 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려해 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우입니다. 같은 조 제3항은 경정 등의 청구 처리나 국세환급금 결정을 위해 확인이 필요한 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따라 사실관계 확인 등이 필요한 경우, 거래상대방에 대한 세무조사 중 거래 일부의 확인이 필요한 경우, 구체적인 탈세 제보가 있는 경우, 명의위장이나 차명계좌를 이용한 탈루 혐의 확인이 필요한 경우, 그 밖에 특정 사업장·특정 항목·특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당 사항의 확인에 필요한 부분에 한정한 부분조사를 할 수 있게 합니다. 제4항은 제3항 제3호부터 제6호까지의 사유로 인한 부분조사를 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다고 정합니다. 질문하신 경우 법인의 사업과 관련해 신고·납부의무가 있는 부가가치세와 법인세는 통합해 조사하는 것이 원칙입니다. 부가가치세나 법인세 가운데 하나만 따로 조사하려면 제2항 각 호의 어느 하나에 해당해야 하고, 부분조사는 제3항 각 호의 사유가 있어야 합니다. 국세기본법 제81조의7 제1항은 세무공무원이 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 사전통지하도록 정하므로, 통지를 받으면 어떤 세목을 어떤 사유로 조사하는지 확인할 수 있습니다. 다만 같은 항 단서는 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 하지 않을 수 있다고 정합니다. 이렇게 사전통지 없이 조사를 시작할 때에도 같은 조 제6항 제1호에 따라 세무공무원은 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유 등이 포함된 세무조사통지서를 교부해야 합니다(폐업 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외). 따라서 어느 경우든 조사대상 세목은 서면으로 확인할 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.