국가계약법은 발주기관이 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약이나 조건을 정하지 못하게 하고, 그런 부당한 특약등은 무효라고 정하고 있습니다. 또 부당한 특약등과 관련된 사항은 이의신청 대상이며, 원칙적으로 그 행위가 있었던 날부터 30일 이내 또는 안 날부터 25일 이내에 해야 합니다. 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제5조 제1항은 계약은 서로 대등한 입장에서 당사자의 합의에 따라 체결되어야 한다고 정합니다. 같은 조 제3항은 계약을 체결할 때 이 법 및 관계 법령에 규정된 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약 또는 조건, 즉 부당한 특약등을 정해서는 안 된다고 정하고, 제4항은 그 부당한 특약등은 무효로 한다고 정합니다. 같은 법 제28조 제1항 제1호의2는 대통령령으로 정하는 금액 이상의 정부조달계약 과정에서 부당한 특약등과 관련된 사항으로 불이익을 받은 자가 그 행위의 취소나 시정을 위한 이의신청을 할 수 있다고 정합니다. 같은 조 제2항은 이의신청을 그 원인이 되는 행위가 있었던 날부터 30일 이내 또는 그 행위가 있음을 안 날부터 25일 이내에 해당 중앙관서의 장에게 하도록 정합니다. 제3항은 중앙관서의 장이 신청을 받은 날부터 15일 이내에 심사해 조치하고 결과를 통지하도록 하고, 제4항은 그 조치에 이의가 있으면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 국가계약분쟁조정위원회에 재심을 청구할 수 있다고 정합니다. 질문하신 경우 계약특수조건의 조항이 법령에 규정된 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 것이라면, 계약서에 들어가더라도 그 조항은 무효입니다. 법이 무효로 정한 것은 계약상 이익을 '부당하게' 제한하는 특약이므로, 조항마다 어떤 법령상 권리를 어떻게 제한하는지가 다툼의 대상이 됩니다. 법은 이에 대응하는 길을 두 갈래로 두고 있습니다. 하나는 제5조 제4항에 따라 그 특약이 무효라고 주장하는 것이고, 다른 하나는 제28조 제1항 제1호의2에 따라 해당 중앙관서의 장에게 그 특약을 정한 행위의 취소나 시정을 구하는 이의신청을 하는 것입니다. 무효는 법이 직접 정한 효과이므로 이의신청을 하지 않았다고 해서 부당한 특약등이 유효해지는 것은 아닙니다. 이의신청은 계약이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 정부조달계약일 때 할 수 있습니다. 기한은 그 행위가 있었던 날부터 30일 이내 또는 그 행위가 있음을 안 날부터 25일 이내로 정해져 있으므로, 특약이 담긴 계약특수조건을 받은 때부터 기한을 따져 보아야 합니다. 중앙관서의 장은 15일 이내에 심사 결과를 통지해야 하고, 그 조치에 이의가 있으면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 국가계약분쟁조정위원회에 재심을 청구할 수 있습니다. 같은 조 제1항은 입찰 참가자격, 입찰 공고, 낙찰자 결정과 관련된 사항도 이의신청 대상으로 함께 정하고 있습니다. 구체적인 사안은 변호사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.