사단법인 형태의 비영리법인에서 사무를 맡고 있습니다. 법인 소유 회관 건물을 10년 넘게 정관에 적힌 고유목적사업인 회원 교육장으로만 써 왔고, 수강료를 받거나 임대하는 등 수익사업에 쓴 적은 없습니다. 이번에 회관을 팔게 됐는데 처음 산 값보다 꽤 높은 값에 팔릴 것 같습니다. 이렇게 팔아서 생기는 수입에도 법인세가 붙는지, 고유목적사업에 오래 쓴 자산이면 빠지는지 알고 싶습니다.
처분하는 날 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산이라면, 그 처분으로 생기는 수입은 비영리법인의 수익사업 소득에서 빠집니다. 질문하신 회관은 10년 넘게 정관에 적힌 고유목적사업에만 쓰였으므로 이 요건에 해당하고, 처분수입 전체가 각 사업연도의 소득에서 제외됩니다.
법인세법 제4조 제1항 단서는 비영리내국법인에 과세되는 소득을 각 사업연도의 소득과 토지등 양도소득으로 한정합니다. 같은 조 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득을 법이 열거한 사업 또는 수입, 즉 수익사업에서 생기는 소득으로 한정하고, 제5호로 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입을 듭니다. 다만 제5호 단서는 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다고 정합니다.
그 수입은 법인세법 시행령 제3조 제2항이 정합니다. 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 생기는 수입으로서, 제1호는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 해당 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 듭니다. 제2호는 10년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 경우 처분수입에 직접 사용한 일수를 보유한 일수로 나눈 비율을 곱한 금액을 듭니다. 두 호에 모두 해당하면 그중 큰 수입이 제외 대상입니다. 여기서 고유목적사업에는 같은 조 제1항의 수익사업이 들어가지 않습니다. 또 같은 항 후단은 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 본다고 정합니다.
반대로 제1호나 제2호에 해당하지 않는 유형자산 및 무형자산의 처분수입은 제4조 제3항 제5호 본문에 따라 수익사업에서 생기는 수입이 됩니다. 그래서 비영리법인이 자산을 팔 때에는 그 자산을 고유목적사업에 직접 얼마나 계속 사용했는지가 법인세를 가르는 기준이 됩니다.
질문하신 회관은 정관에 적힌 회원 교육에 10년 넘게 쓰였고, 팔기 직전까지도 그 용도로만 쓰였습니다. 따라서 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우로서 제1호에 해당합니다. 제1호는 처분으로 생기는 수입 전체를 제외 대상으로 정하므로, 제2호에도 해당한다고 보더라도 큰 쪽은 제1호의 수입입니다. 결국 회관을 판 수입은 제4조 제3항의 수익사업에서 빠지고, 이 수입에 대해서는 각 사업연도의 소득으로 법인세를 계산하지 않습니다.
함께 볼 점이 있습니다. 이 답변은 제4조 제1항 제1호의 각 사업연도의 소득에 관한 것이고, 같은 항 제3호의 토지등 양도소득은 법이 따로 과세소득으로 정하고 있습니다. 또 제1호 후단은 수익사업에 속하던 자산을 고유목적사업에 전입한 뒤 처분하면 전입 당시의 시가를 취득가액으로 한다고 정하므로, 회관이 과거에 수익사업 자산이었던 적이 있다면 그 부분은 따로 살펴야 합니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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