세무조사는 원칙적으로 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 합니다. 다만 법령이 정한 사유가 있으면 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 사이의 조정은 지방국세청장)이 관할을 조정할 수 있고, 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소와 납세지의 관할이 다른 경우가 그 사유의 하나입니다. 국세기본법 제81조의6 제1항 본문은 세무조사를 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다고 정합니다. 같은 항 단서는 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하면 국세청장이 그 관할을 조정할 수 있고, 같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장이 조정할 수 있다고 정합니다. 국세기본법 시행령 제63조의3은 그 사유로 네 가지를 듭니다. 제1호는 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우, 제2호는 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대해 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무관서가 조사하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우, 제3호는 조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인 등에 대한 세무조사가 필요한 경우, 제4호는 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려해 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우입니다. 소득세법 제6조 제1항은 거주자의 소득세 납세지를 주소지로 정합니다. 질문하신 분은 주소지인 서울이 납세지이고, 사업을 실질적으로 관리하는 가게는 다른 세무서 관할인 경기도에 있으므로 시행령 제63조의3 제1호의 사정이 있습니다. 따라서 납세지 관할 세무서가 아닌 세무관서가 조사하는 것은 이 관할 조정을 거친 경우에 가능합니다. 통지는 같은 법 제81조의7 제1항에 따라 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 담아 하도록 되어 있습니다. 다만 같은 항 단서에 따라 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 하지 않을 수 있습니다. 관할 조정 사유는 제1호에 그치지 않으므로, 제2호부터 제4호까지의 사유로 관할이 조정되는 경우도 법령상 가능합니다. 또 같은 조 제2항은 사전통지를 받은 납세자가 천재지변으로 생명·신체, 재산 또는 공급망 등에 상당한 피해가 발생한 경우, 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도 또는 도산의 우려가 있는 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란하면 관할 세무관서의 장에게 연기를 신청할 수 있다고 정하고, 같은 조 제3항은 그 승인 여부와 결과를 조사 개시 전까지 통지하도록 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.