법인세법 시행령은 특수관계인에게 자산을 무상으로 빌려주는 것을 부당행위계산의 한 유형으로 정하면서, 장애인 표준사업장의 용도로 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우는 그 유형에서 제외합니다. 질문하신 무상 임대는 이 제외 규정에 해당하므로, 시가 임대료와의 차액을 그 유형의 부당행위계산으로 익금산입하는 대상이 아닙니다. 법인세법 제52조 제1항은 내국법인의 행위나 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 그 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면, 그 계산과 관계없이 각 사업연도의 소득금액을 계산하도록 정합니다. 같은 조 제2항은 이때 시가를 기준으로 한다고 하고, 제4항은 부당행위계산의 유형을 대통령령에 맡깁니다. 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 본문은 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율, 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우를 부당행위계산의 유형으로 듭니다. 같은 호 단서는 각 목의 경우를 제외하는데, 라목이 장애인고용촉진 및 직업재활법 제2조 제8호에 따른 장애인 표준사업장의 용도로 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우입니다. 장애인고용촉진 및 직업재활법 제2조 제8호는 장애인 표준사업장을 장애인 고용 인원, 고용비율 및 시설, 임금에 관하여 고용노동부령으로 정하는 기준에 해당하는 사업장으로 정의하고, 장애인복지법에 따른 장애인 직업재활시설은 제외합니다. 질문하신 회사는 특수관계에 있는 자회사에 공장 건물을 임대료 없이 빌려주고 있으므로, 원래라면 제6호 본문의 무상 제공에 해당합니다. 그러나 자회사가 법이 정한 장애인 표준사업장 기준에 해당하는 사업장이고 건물을 장애인 표준사업장의 용도로 제공하고 있으므로 제6호 단서 라목이 적용됩니다. 따라서 월 500만 원 상당의 시가 임대료와의 차액을 제6호의 부당행위계산으로 보아 익금산입하지 않습니다. 이 제외는 장애인 표준사업장의 용도로 제공하는 경우에 한정됩니다. 건물을 다른 용도로 함께 쓰게 하거나 자회사가 표준사업장 기준에서 벗어나면 라목의 전제가 달라집니다. 또 법 제52조 제3항에 따라 내국법인은 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 관할 세무서장에게 제출해야 하므로, 이 무상 임대 거래도 명세서 제출 대상인지 함께 살펴야 합니다. 참고로 제88조 제3항은 제1항 제6호 등에 대해 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다고 정하지만, 질문하신 무상 임대는 이 금액 기준을 따지기 전에 제6호 단서 라목에 따라 제6호의 유형에서 빠지는 경우입니다. 라목은 무상 제공뿐 아니라 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우도 함께 제외하므로, 앞으로 낮은 임대료를 받기로 바꾸더라도 장애인 표준사업장의 용도라면 같은 단서가 적용됩니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.