세무조사대응, 종전 조사 자료만으로 같은 기간 재조사가 허용되나요?

Q

음식점을 하는 개인사업자입니다. 얼마 전 부가가치세 세무조사를 받고 추가로 세금을 낸 뒤 조사가 끝났습니다. 그런데 세무서 내부감사에서 그 조사가 부실했다는 지적이 나왔다며, 같은 과세기간 부가가치세를 다시 조사하겠다는 통지를 받았습니다. 새로 드러난 자료가 있는 것은 아니고 앞선 조사 때 이미 살펴본 장부와 자료를 다시 보겠다는 취지라고 합니다. 세무조사대응을 하려는데, 이런 경우도 재조사가 허용되는 명백한 자료가 있는 경우에 해당하는지 궁금합니다.

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재조사가 허용되는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료가 포함되지 않는다는 것이 대법원 판단입니다. 따라서 앞선 조사 때 이미 살펴본 장부와 자료만으로는 이 사유를 들어 같은 과세기간을 다시 조사할 수 없습니다. 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무공무원이 적정하고 공평한 과세에 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 해야 하고 조사권을 남용해서는 안 된다고 정합니다. 같은 조 제2항은 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다고 정하고, 제1호로 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우를 듭니다. 재조사는 이처럼 법이 정한 사유가 있을 때만 예외적으로 허용됩니다. 같은 조 제3항은 조사에 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하도록 하고, 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부등은 요구할 수 없게 합니다. 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결은 이 '명백한 자료가 있는 경우'란 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의해 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정돼야 하고, 이런 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료가 포함되지 않는다고 판단했습니다. 판결은 같은 조의 규정과 재조사를 예외적으로만 허용하는 취지에 비추어 이렇게 해석했습니다. 질문하신 경우 새로 드러난 자료는 없고, 세무서는 앞선 부가가치세 조사 때 이미 살펴본 장부와 자료를 다시 보겠다는 입장입니다. 판결에 따르면 종전 조사에서 이미 조사된 자료는 명백한 자료에 들어가지 않으므로, 내부감사에서 조사가 부실했다는 지적이 나왔다는 사정만으로 제2항 제1호의 재조사 사유가 생기지는 않습니다. 다만 제2항은 제1호 외에도 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따른 조사, 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 알선한 경우, 부분조사 후 포함되지 않은 부분의 조사, 대통령령으로 정하는 유사한 경우 등 다른 사유를 함께 정하고 있습니다. 이 판결은 제1호의 의미를 밝힌 것이므로, 세무서가 내세우는 재조사 사유가 제2항의 어느 호인지가 결론을 가릅니다. 같은 법 제81조의7 제1항은 세무공무원이 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 납세자에게 통지하도록 정합니다. 통지서에 적힌 조사 사유를 보고 그것이 제2항 각 호 가운데 무엇에 해당한다는 것인지 확인하면 세무조사대응 방향을 정하는 데 도움이 됩니다. 같은 법 제81조의5는 세무조사를 받을 때 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있다고 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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