세무서가 저에게 부가가치세를 부과해서 조세심판원에 심판청구를 했습니다. 심판원은 일부 사실관계를 다시 조사하라며 세무서에 재조사결정을 했습니다. 그런데 세무서는 재조사를 마친 뒤 처음 부과한 세액보다 더 많은 세액으로 후속 처분을 했습니다. 재조사결정에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 처음 처분보다 저에게 불리해졌다면, 처음 세액을 넘는 부분은 위법한지 알고 싶습니다.
로시컴 세무정보 LAWSEE.COM
재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면, 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 불이익변경금지원칙에 어긋나 위법하다는 것이 대법원의 판단입니다.
국세기본법 제65조 제1항 제3호는 청구가 이유 있다고 인정될 때 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다고 정합니다. 같은 호 단서는 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다고 정합니다. 제80조의2는 심판청구에 관하여 제65조를 준용한다고 정합니다. 제79조 제1항은 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다고 정하고, 제2항은 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 정합니다.
대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결은 심판청구에 대한 재조사결정이 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관해 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 담긴 변형결정에 해당한다고 보았습니다. 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 따라 내용이 보완됨으로써 결정으로서 효력이 발생한다고 했습니다. 그래서 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어, 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하게 된다고 판단했습니다.
질문하신 경우 부가가치세 부과처분에 대해 심판청구를 했고, 조세심판원이 재조사결정을 했으며, 세무서가 재조사 뒤 처음 세액보다 많은 세액으로 후속 처분을 했습니다. 판결에 따르면 이 후속 처분은 심판청구에 대한 결정의 일부를 이루므로, 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다는 제79조 제2항의 제한을 받습니다. 그러므로 재조사결정의 취지에 따른 이 후속 처분 중 처음 부과한 세액을 넘는 부분은 위법합니다. 판결은 재조사결정이 처분청의 후속 처분에 따라 내용이 보완되어야 결정으로서 효력이 생긴다고 보았기 때문에, 불이익변경금지원칙이 그 후속 처분에도 미친다고 판단한 것입니다.
현행 국세기본법은 재조사 결정을 제65조 제1항 제3호 단서에서 정하고, 제80조의2를 통해 심판청구에도 준용합니다. 판결이 위법하다고 본 것은 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분입니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
이 사례로 세무사에게 상담하기