개인사업자로, 거래처에 제공한 용역의 대금을 수입금액에 넣어 종합소득세를 법정신고기한까지 신고하고 납부했습니다. 그 뒤 거래처와 그 대금을 두고 민사소송이 벌어졌고, 여러 해가 지나 그 판결로 용역대금 거래가 제가 신고한 금액보다 적은 금액으로 확정되었습니다. 판결이 확정된 사실은 최근에 알았는데, 그 사이 그 종합소득세의 부과제척기간은 이미 지났습니다. 부과제척기간이 지난 뒤에도 이 판결을 근거로 경정청구를 할 수 있는지 궁금합니다.
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최초 신고의 계산 근거가 된 거래가 판결로 다른 것으로 확정되었다면, 국세부과권의 제척기간이 지난 뒤라도 후발적 사유에 따른 경정청구를 할 수 있다는 것이 대법원의 판단입니다. 다만 현행법상 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구하여야 합니다.
국세기본법 제26조의2 제1항은 국세를 부과할 수 있는 기간인 부과제척기간을 정합니다. 제45조의2 제2항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 등은 다음 각 호의 사유가 발생하였을 때 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 정합니다. 그 제1호는 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때입니다. 제26조의2 제6항 제3호는 제45조의2 제2항 등에 따른 경정청구가 있는 경우 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 세무서장 등이 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 정합니다.
대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결은 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 제45조의2 제2항 제1호에 따른 경정청구를 할 수 있다고 판단했습니다.
질문하신 경우 종합소득세를 법정신고기한까지 신고했고, 그 계산 근거가 된 용역대금 거래를 두고 거래처와 분쟁이 생겨 판결로 신고한 금액보다 적은 금액으로 확정되었습니다. 그 사이 부과제척기간이 지났더라도, 판결의 기준에 따르면 이 판결을 근거로 제45조의2 제2항 제1호의 경정청구를 할 수 있습니다. 부과제척기간이 지났다는 사정이 이 경정청구를 막지 않는다는 것이 판결의 요지입니다. 제45조의2 제2항이 이 청구를 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 할 수 있다고 정하고 있는 것도 같은 맥락입니다. 판결이 다룬 사건도 소득세가 부과된 뒤 그 계산 근거가 된 계약을 두고 소송이 이어지는 사이 제척기간이 지났고, 그 뒤 판결로 계약 내용이 다르게 확정된 경우였습니다.
이 경정청구는 제45조의2 제2항이 정한 대로 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 하여야 합니다. 청구가 있으면 제26조의2 제6항 제3호에 따라 세무서장은 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 경정 등 필요한 처분을 할 수 있습니다. 같은 법 제45조의2 제3항은 청구를 받은 세무서장이 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나 그 이유가 없다는 뜻을 청구한 자에게 통지하여야 한다고 정합니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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