세무조사에서 통장 입금액으로 정한 사업 수입, 적법한 조사 방법인가요?

Q

개인사업자로 매년 종합소득세를 신고해 왔습니다. 세무서가 세무조사를 하면서 제 명의 예금계좌들에 들어온 입금액을 조사했고, 그 입금 내역을 바탕으로 총수입금액을 다시 계산한 뒤 신고에서 빠진 수입이 있다며 종합소득세를 경정했습니다. 저는 세무서가 제 장부가 아니라 통장 입금 내역으로 수입을 정한 것 자체가 잘못이라고 생각합니다. 세무서가 사업자의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 조사해 총수입금액을 결정하는 것이 적법한 조사 방법인가요?

A
Expert Profile
로시컴 세무정보 LAWSEE.COM
신고 내용에 오류나 탈루가 있음이 다른 자료로 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 장부 외의 다른 자료로도 경정할 수 있고, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액을 조사하여 총수입금액을 결정하는 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다는 것이 대법원 판례입니다. 장부가 아니라 통장 입금 내역을 썼다는 이유만으로 조사 방법이 위법해지지는 않습니다. 국세기본법 제16조 제1항은 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하도록 하고, 제2항은 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 정합니다. 소득세법 제80조 제2항 제1호는 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 과세표준과 세액을 경정하도록 하고, 같은 조 제3항은 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하도록 정합니다. 소득세법 시행령 제142조 제1항은 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다고 정합니다. 대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결은 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정할 때 장부나 증빙에 의함이 원칙이지만, 다른 자료에 의하여 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 경정할 수 있다고 했습니다. 그리고 실지조사는 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없으므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다고 판단했습니다. 질문하신 경우 세무서는 질문하신 분 명의 예금계좌들의 입금액을 조사해 총수입금액을 다시 계산했습니다. 판례에 따르면 이런 방법은 실제 수입을 포착하는 객관적인 실지조사방법에 속합니다. 따라서 장부가 아니라 통장 입금 내역을 바탕으로 수입을 정했다는 점만으로 그 조사 방법 자체가 잘못되었다고 할 수는 없습니다. 판례는 실지조사가 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다고 보았기 때문입니다. 판례가 정한 것은 계좌 입금액을 조사하는 방법 자체가 적법한 실지조사방법에 속한다는 점입니다. 판례는 이를 다른 자료에 의하여 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때의 경정 방법으로 설명했습니다. 또 경정은 장부나 증빙에 의함이 원칙이라는 점을 전제로 하면서도, 그 원칙이 다른 자료에 의한 경정을 막는 것은 아니라고 보았습니다. 질문하신 분이 장부가 아니라 통장 입금 내역을 썼다는 점을 문제 삼으신 부분은 바로 이 판단이 다룬 쟁점입니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
이 사례로 세무사에게 상담하기
온라인 상담하기
상담사례 더 보기 →