근로자가 천재ㆍ지변 기타 재해로 인하여 받는 급여는 소득세가 과세되지 않는 비과세 급여입니다. 집중호우로 집이 침수된 직원에게 그 재해 때문에 지급한 지원금 100만 원은 이 급여에 해당하므로, 근로소득에 넣어 원천징수하지 않습니다. 소득세법 제12조는 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다고 정합니다. 그 제3호는 근로소득과 퇴직소득 중 비과세되는 소득을 나열하고, 자목에서 대통령령으로 정하는 실비변상적 성질의 급여를 듭니다. 자목은 그 범위를 대통령령에 맡기고 있으므로, 어떤 급여가 여기에 들어가는지는 시행령의 각 호가 정합니다. 소득세법 시행령 제12조는 이 실비변상적 급여를 각 호로 정하고, 제16호에서 근로자가 천재ㆍ지변 기타 재해로 인하여 받는 급여를 듭니다. 같은 조의 다른 호 가운데에는 월 20만원 이내처럼 금액을 붙인 것이 있지만, 제16호에는 금액 문언이 적혀 있지 않습니다. 제16호는 두 가지를 요건으로 적고 있습니다. 첫째, 받는 사람이 근로자여야 합니다. 둘째, 그 급여가 천재ㆍ지변 기타 재해로 인하여 받는 것이어야 합니다. 그리고 제12조 제3호는 근로소득과 퇴직소득 중 비과세되는 소득을 나열하므로, 제16호의 급여는 근로소득에 속하면서도 소득세가 과세되지 않는 소득입니다. 질문하신 사업장의 직원은 사업주에게 고용되어 일하는 근로자입니다. 그리고 집중호우로 집이 침수되는 재해를 입었고, 사업주는 그 재해 때문에 사내 규정에 따라 지원금 100만 원을 지급했습니다. 따라서 이 지원금은 시행령 제12조 제16호의 근로자가 천재ㆍ지변 기타 재해로 인하여 받는 급여에 해당하고, 소득세법 제12조 제3호 자목의 실비변상적 성질의 급여로서 소득세를 과세하지 아니하는 소득입니다. 소득세법 제20조 제2항은 근로소득의 합계액에서 비과세소득의 금액을 제외한 금액을 총급여액으로 정하므로, 이 100만 원은 그 직원의 총급여액에서 빠집니다. 원천징수는 이 금액을 뺀 나머지 급여를 기준으로 하시면 됩니다. 주의하실 점이 있습니다. 제16호는 재해로 인하여 받는 급여를 정한 규정입니다. 그러므로 같은 사내 규정으로 지급하는 돈이라도 재해와 관계없는 사유로 지급하는 돈은 제16호가 아니라 그 돈에 맞는 규정으로 따로 판단해야 합니다. 또 다른 직원이 재해를 입어 지원금을 줄 때에도 그 직원이 근로자이고 지급 사유가 천재ㆍ지변 기타 재해인지를 같은 방식으로 확인하시면 됩니다. 지원금을 받은 직원이 여러 명이라면 직원마다 같은 요건을 따로 따집니다. 끝으로 이 답변은 직원이 받는 지원금의 소득세만 다룹니다. 정리하면 침수 피해를 입은 직원에게 지급한 재해 지원금 100만 원은 소득세법 시행령 제12조 제16호의 비과세 급여이므로, 근로소득에 포함해 원천징수하지 않습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.