다시 내야 합니다. 육아휴직 복직일부터 2년이 지나기 전에 그 직원과의 근로관계를 종료했으므로, 근로관계가 종료한 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부해야 합니다. 질문하신 경우 그 금액은 공제받은 1,300만 원 상당액입니다. 먼저 공제의 근거를 보겠습니다. 조세특례제한법 제29조의8 제5항은 중소기업 또는 중견기업이 법이 정한 요건을 갖춘 육아휴직 복귀자를 법이 정한 적용기한까지 복직시키면, 육아휴직 복귀자 인원에 1,300만 원(중견기업은 900만 원)을 곱한 금액을 복직한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당) 또는 법인세에서 공제한다고 정합니다. 이 공제에는 사후 조건이 붙어 있습니다. 같은 조 제7항은 제5항에 따라 법인세를 공제받은 자가 육아휴직 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우, 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다고 정합니다. 이때 납부할 금액은 제5항에 따른 공제금액 중 공제받지 못하고 이월된 금액이 있으면 그 금액을 뺀 금액입니다. 질문하신 사실에 대입하면, 회사는 제5항에 따라 1,300만 원을 공제받았고, 회사 사정으로 그 직원과 협의해 복직 1년 만에 근로관계를 끝냈습니다. 복직일부터 2년이 지나기 전에 근로관계를 종료한 것이므로 제7항이 적용됩니다. 제5항의 공제는 1년 이상 근무, 연속 6개월 이상 육아휴직, 최대주주 등과 특수관계 없음이라는 요건을 모두 갖춘 사람을 복직시킨 경우에 적용되고, 그 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하면 공제하지 않습니다. 제7항은 제4항의 정규직 근로자 전환 공제에도 전환일을 기준으로 같은 방식으로 적용됩니다. 납부 시기는 근로관계가 종료한 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고 때입니다. 조문은 공제를 받았던 사업연도가 아니라 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 납부하도록 정하고 있습니다. 납부할 금액은 공제받은 세액에 상당하는 금액입니다. 그 사업연도 법인세에서 1,300만 원을 전액 공제받아 이월된 금액이 없으므로, 뺄 금액 없이 1,300만 원 상당액을 납부하게 됩니다. 만약 공제액 중 일부를 그해에 다 쓰지 못하고 이월해 두었다면, 그 이월된 금액은 빼고 납부합니다. 참고로 같은 조 제6항은 제5항의 공제를 육아휴직 복귀자의 자녀 1명당 한 차례에 한정하고, 제8항은 공제를 받으려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하도록 정합니다. 제7항의 납부는 근로관계가 끝난 날이 속하는 사업연도 신고에서 함께 이루어져야 하는 의무입니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.