승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 정해진 기간 안에 처분하면 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 봅니다. 그러면 적격합병으로 미뤄 두었던 금액을 그 사유가 생긴 사업연도에 익금에 산입하고, 승계받아 공제한 감면·세액공제액도 그 사업연도 법인세에 더해 내야 합니다. 이 기간은 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년입니다. 법인세법 제44조의3 제3항은 적격합병(같은 법 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외)을 한 합병법인이 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 승계받은 사업을 폐지하는 경우(제1호) 등에는, 양도받은 자산의 장부가액과 시가의 차액(시가가 큰 경우만), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 익금에 산입하고, 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 그 사업연도 법인세에 더해 납부한 뒤 그 사업연도부터 감면이나 세액공제를 적용하지 않는다고 정합니다. 다만 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 예외입니다. 법인세법 시행령 제80조의4 제3항은 그 기간을 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(근로자 수 요건인 제3호는 3년)으로 정합니다. 같은 조 제8항은 합병법인이 이 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다고 정합니다. 익금에 넣는 금액은 같은 조 제4항이 정합니다. 합병 때 계상한 자산조정계정 잔액의 총합계액(0보다 큰 경우에 한정)과 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입하고, 자산조정계정은 소멸합니다. 같은 조 제6항은 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼며, 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 그 사업연도 법인세에 더해 납부하도록 정합니다. 질문하신 경우를 대입하면, 모회사와 지분 전부를 가진 자회사 사이의 합병이 아니므로 사후관리 대상입니다. 매각 시점인 합병 다음 사업연도는 2년 기간 안에 있고, 승계 자산가액의 절반 넘게 처분하므로 제8항에 따라 사업 폐지로 봅니다. 부득이한 사유도 없으므로 처분한 날이 속하는 사업연도에 위 금액을 익금에 산입하고 승계 감면 등을 납부해야 합니다. 같은 조 제3항은 사업 폐지 외에도 피합병법인의 주주등이 받은 주식등을 처분하는 경우(제2호)와 근로자 수가 100분의 80 미만으로 하락하는 경우(제3호)를 사후관리 사유로 함께 정하고 있습니다. 또 법인세법 제44조의3 제4항은 이렇게 익금에 산입한 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 순자산시가의 차액을 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 정해진 방식에 따라 익금 또는 손금에 산입하도록 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.