내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우에는, 일반 적격합병 요건을 따로 갖추지 않아도 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있습니다. 또 이렇게 적격합병으로 보는 경우에는 합병 뒤 사업 폐지나 근로자 수 하락에 따른 사후관리 규정이 적용되지 않습니다. 원칙부터 보면, 법인세법 제44조 제1항은 피합병법인이 합병으로 해산하면 그 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보고, 양도가액에서 순자산 장부가액을 뺀 양도손익을 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것, 합병대가 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상이고 주식을 보유할 것, 승계받은 사업을 계속할 것, 승계한 근로자 비율이 100분의 80 이상이고 유지할 것을 모두 갖춘 적격합병이면 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 정합니다. 그런데 같은 조 제3항은 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있는 경우를 따로 정합니다. 제1호는 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우이고, 제2호는 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우입니다. 같은 내국법인이 지분 전부를 가진 자회사끼리 합병하는 경우에도 제2호에 따라 같은 특례를 적용할 수 있습니다. 사후관리는 법인세법 제44조의3 제3항이 정합니다. 이 조항은 적격합병을 한 합병법인이 정해진 기간에 승계받은 사업을 폐지하거나, 피합병법인 주주등이 받은 주식등을 처분하거나, 근로자 수가 100분의 80 미만으로 하락하면 미뤄 둔 차액 등을 익금에 산입하도록 정하면서, 괄호에서 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다고 밝히고 있습니다. 질문하신 경우 국내 법인인 모회사가 발행주식 전부를 가진 국내 자회사를 합병하므로 제44조 제3항 제1호에 해당합니다. 따라서 제2항의 주식 대가 100분의 80 요건이나 근로자 승계 요건을 따로 맞추지 않아도 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있고, 제44조의3 제3항의 사후관리 대상에서도 빠집니다. 조문이 「할 수 있다」고 정하고 있으므로 이 특례는 회사가 적용을 선택하는 구조입니다. 다만 적격합병으로 처리하면 법인세법 제44조의3 제1항에 따라 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하고, 장부가액과 시가의 차액을 자산별로 계상해야 합니다. 같은 조 제2항에 따라 피합병법인의 결손금, 세무조정 사항, 감면·세액공제 등도 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계합니다. 같은 조 제5항은 제1항을 적용받는 합병법인이 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.