기업전략자문 후 적격분할 신설법인 사업 폐지, 미룬 법인세가 되살아나나요?

Q

제조와 유통 두 사업부를 함께 하던 법인을 인적분할해 유통 사업부를 새 법인으로 떼어 냈습니다. 적격분할 요건을 갖춰 분할신설법인이 자산을 장부가액으로 넘겨받았고 분할 때 법인세를 내지 않았습니다. 그런데 기업전략자문을 받아 보니 유통 사업을 이어가기 어렵다는 결론이 나와, 분할한 다음 사업연도 중에 분할신설법인이 넘겨받은 유통 사업 자산을 모두 처분하고 사업을 접기로 했습니다. 법에서 말하는 부득이한 사유로 볼 사정은 없습니다. 이렇게 하면 분할 때 미뤄 둔 세금을 다시 내야 하나요?

A
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네, 다시 과세됩니다. 적격분할 뒤 법이 정한 기간 안에 분할신설법인이 승계받은 사업을 폐지하면, 분할신설법인은 그 사유가 생긴 사업연도에 넘겨받은 자산의 장부가액과 시가의 차액 등을 익금에 넣어야 합니다. 승계받아 공제한 감면이나 세액공제가 있었다면 그 금액도 그 사업연도 법인세에 더해 내야 합니다. 법인세법 제46조의3 제1항은 적격분할을 한 분할신설법인이 분할법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다고 정합니다. 같은 조 제3항은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 제1호의 사유, 즉 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우가 생기면, 양도받은 자산의 장부가액과 시가의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 익금에 산입하고, 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 그 사업연도부터 감면·세액공제를 적용하지 않는다고 정합니다. 다만 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 그렇지 않습니다. 법인세법 시행령 제82조의4 제3항은 이 기간을 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(근로자 수 요건인 제3호는 3년)으로 정합니다. 같은 조 제7항은 사업 폐지 여부의 판정에 시행령 제80조의4 제8항을 준용하는데, 그 조항은 기간 중 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다고 정합니다. 질문하신 경우에 대입하면, 분할한 다음 사업연도 중에 사업을 접는 것이므로 시행령이 정한 2년 안입니다. 넘겨받은 유통 사업 자산을 모두 처분하면 승계 자산가액의 2분의 1 이상을 처분한 것이므로 사업을 폐지한 것으로 봅니다. 부득이한 사유도 없다고 하셨으므로 제46조의3 제3항 단서의 예외는 적용되지 않습니다. 따라서 분할신설법인은 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 위 차액과 공제한 승계결손금 등을 익금에 넣어야 합니다. 같은 조 제4항은 제3항에 따라 차액 등을 익금에 산입한 경우, 분할신설법인이 분할법인에 지급한 양도가액과 분할법인의 분할등기일 현재 순자산시가의 차액을 사유가 발생한 날부터 분할등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다고 정합니다. 또 시행령 제82조의4 제5항은 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼도록 정합니다. 익금에 넣을 금액의 구체적인 계산은 이 규정들에 따르므로, 사업을 접는 사업연도의 법인세 신고 때 함께 반영해야 합니다. 참고로 제46조의3 제3항은 사업 폐지 외에도, 대통령령으로 정하는 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우(제2호)와 각 사업연도 종료일 현재 분할신설법인의 근로자 수가 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문 근로자 수의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우(제3호)를 같은 사유로 듭니다. 제3호의 기간은 3년입니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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