기업전략자문 따라 현물출자 자회사 지분 40%로, 미룬 양도차익이 과세되나요?

Q

5년 넘게 제조업을 해 온 법인입니다. 공장 토지와 건물, 기계를 현물출자해 지분 100%를 가진 자회사를 세웠고, 법이 정한 요건을 갖춰 양도차익 상당액을 손금에 넣었습니다. 기업전략자문에 따라 현물출자한 다음 사업연도에 자회사 주식 60%를 외부에 팔아 지분을 40%로 줄이려고 하며, 부득이한 사유로 볼 사정은 없습니다. 이때 미뤄 둔 양도차익이 어떻게 되는지, 그리고 자회사가 넘겨받은 기계 일부를 팔아도 과세되는지 알고 싶습니다.

A
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자회사 주식을 팔아 지분이 40%가 되면, 미뤄 둔 양도차익은 그 사업연도에 익금으로 돌아옵니다. 판 비율만큼 먼저 익금에 들어가고, 법이 정한 기간 안에 지분이 100분의 50 미만이 되므로 남은 금액도 익금에 들어갑니다. 자회사가 넘겨받은 기계를 파는 경우에도 처분비율만큼 익금에 들어갑니다. 법인세법 제47조의2 제1항은 출자법인이 요건을 갖춘 현물출자를 하면, 현물출자로 취득한 피출자법인 주식가액 중 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 현물출자일이 속하는 사업연도에 손금에 산입할 수 있다고 정합니다. 법인세법 시행령 제84조의2 제2항은 이 금액을 피출자법인주식등의 압축기장충당금으로 계상하도록 합니다. 같은 조 제2항은 출자법인이 피출자법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우(제1호)와 피출자법인이 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우(제2호)에, 그 사업연도에 주식등과 자산의 처분비율을 고려해 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다고 정합니다. 시행령 제84조의2 제4항은 그 자산을 감가상각자산, 토지 및 주식등으로 정합니다. 같은 조 제3항 제2호는 현물출자일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 출자법인등이 피출자법인의 발행주식총수의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되면, 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 생긴 사업연도에 익금에 산입한다고 정합니다. 시행령 제84조의2 제13항은 이 기간을 현물출자일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년으로 정합니다. 두 항 모두 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 적용하지 않습니다. 질문하신 경우에 대입하면, 주식 60%를 파는 것은 제2항 제1호의 처분이므로 처분비율만큼 익금에 들어갑니다. 현물출자한 다음 사업연도에 지분이 40%가 되므로 2년 안에 100분의 50 미만이 되는 것이고, 부득이한 사유도 없으므로 제3항 제2호에 따라 남은 금액도 같은 사업연도에 익금에 산입됩니다. 자회사가 넘겨받은 기계는 감가상각자산이므로 이를 팔면 제2항 제2호의 사유가 됩니다. 이 경우 자회사는 처분일부터 1개월 이내에 처분 사실을 출자법인에 알려야 합니다. 익금에 넣을 금액은 시행령 제84조의2 제3항이 정한 방식, 즉 처분한 주식 비율과 처분한 승계자산의 양도차익 비율로 계산한 비율을 압축기장충당금 잔액에 곱해 정합니다. 다만 기계 일부를 넘어 처분 규모가 커지면 다른 사유도 생길 수 있습니다. 시행령 제84조의2 제14항은 사업 폐지 판정에 시행령 제80조의4 제8항을 준용하는데, 그 조항은 기간 중 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 사업을 폐지한 것으로 봅니다. 이는 제47조의2 제3항 제1호의 사유입니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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