공장 건물을 넘긴 날부터 5년 안에 통합으로 받은 주식의 100분의 50 이상을 처분하면, 미뤄 둔 이월과세액을 개인이 직접 양도소득세로 내야 합니다. 3년이 지난 시점에 60%를 파는 것이므로 이에 해당하고, 주식을 판 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 내야 합니다. 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호는 이월과세를 개인이 사업용고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도할 때 그 개인에게 양도소득세를 과세하지 않고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 자산을 양도할 때 개인의 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것으로 정합니다. 같은 법 제31조 제1항은 중소기업 간의 통합으로 소멸되는 중소기업이 사업용고정자산을 통합법인에 양도하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다고 정합니다. 같은 조 제7항은 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 통합법인이 승계받은 사업을 폐지하거나(제1호), 그 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하면(제2호), 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액)을 양도소득세로 납부하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제28조 제10항은 이 처분에 주식의 유상이전, 무상이전, 유상감자와 무상감자(지분 비율대로 균등하게 소각하는 경우 제외)를 포함한다고 정합니다. 다만 사망하거나 파산해 처분하는 경우, 법인세법에 따른 합병·분할로 처분하는 경우, 회생절차에서 법원의 허가를 받아 처분하는 경우, 법령상 의무를 이행하기 위해 처분하는 경우 등은 제외합니다. 질문하신 경우에 대입하면, 공장 건물을 넘긴 날부터 3년이 지난 때이므로 아직 5년 안입니다. 외부 투자자에게 주식을 파는 것은 유상이전이므로 처분에 해당하고, 받은 주식의 60%이므로 100분의 50 이상입니다. 따라서 주식을 판 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액을 양도소득세로 내야 합니다. 내야 할 금액은 이월과세액에서 통합법인이 이미 납부한 세액을 뺀 금액입니다. 통합법인이 아직 공장 건물을 팔지 않아 법인세로 낸 금액이 없다면 이월과세액 전부가 대상이 됩니다. 납부 사유는 주식을 처분한 사업연도가 아니라 처분한 날을 기준으로 생기고, 기한도 그날이 속하는 달의 말일부터 2개월로 짧습니다. 통합법인이 넘겨받은 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않는 경우에도 시행령 제28조 제9항에 따라 사업의 폐지로 보아 같은 납부 사유가 됩니다. 시행령 제28조 제10항 제6호는 가업 승계를 목적으로 주식을 증여하고 수증자가 같은 법에 따른 가업승계 증여세 과세특례를 적용받은 경우도 처분에서 제외하며, 제11항은 이때 수증자를 해당 내국인으로 보아 5년의 기간을 증여자의 보유기간과 통산한다고 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.