세법상으로는 납세지 관할세무서장이 선입선출법으로 재고자산을 평가합니다. 다만 신고해 둔 총평균법으로 평가한 가액이 선입선출법으로 평가한 가액보다 크면 총평균법에 의합니다. 결산에서 쓴 이동평균법 가액은 세법상 그대로 인정되지 않습니다. 법인세법 제42조 제1항은 자산의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우 원칙적으로 평가 전의 가액으로 하되, 제2호에서 재고자산 등 대통령령으로 정하는 자산의 평가는 예외로 둡니다. 같은 조 제2항은 그 자산을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하도록 정합니다. 법인세법 시행령 제74조 제1항은 재고자산의 평가를 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하도록 정합니다. 같은 조 제4항은 법인이 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 납세지 관할세무서장이 선입선출법(매매를 목적으로 소유하는 부동산은 개별법)으로 재고자산을 평가한다고 정합니다. 제2호는 신고한 평가방법 외의 방법으로 평가한 경우, 제3호는 제3항 제2호의 기한 내에 평가방법변경신고를 하지 아니하고 그 방법을 변경한 경우입니다. 같은 항 단서는 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우로서 신고한 평가방법에 의하여 평가한 가액이 선입선출법에 의하여 평가한 가액보다 큰 경우에는 신고한 평가방법에 의한다고 정합니다. 질문하신 경우 회사가 신고한 방법은 총평균법인데 이동평균법으로 기말재고를 계산했으므로 신고한 평가방법 외의 방법으로 평가한 경우이고, 변경신고 없이 방법을 바꾼 경우이기도 합니다. 어느 호로 보더라도 결과는 같아서 선입선출법으로 평가합니다. 다만 총평균법으로 계산한 가액이 선입선출법 가액보다 크면 단서에 따라 총평균법 가액에 의합니다. 결국 선입선출법 가액과 총평균법 가액을 비교해 큰 쪽이 적용되는 구조이고, 이동평균법 가액은 비교 대상이 아닙니다. 같은 조 제5항은 평가방법을 기한이 지난 후에 신고한 경우 그 신고일이 속하는 사업연도까지는 제4항을 준용하고, 그 후의 사업연도에는 법인이 신고한 평가방법에 의한다고 정합니다. 이번 결산 뒤에 이동평균법으로 변경신고를 하더라도, 신고일이 속하는 사업연도까지는 위와 같이 제4항에 따라 평가됩니다. 앞으로 이동평균법을 쓰려면 같은 조 제3항 제2호에 따라 변경할 평가방법을 적용하려는 사업연도의 종료일 이전 3월이 되는 날까지 변경신고서를 내야 합니다. 같은 항 후단에 따라 저가법을 신고하는 경우에는 시가와 비교되는 원가법을 함께 신고해야 합니다. 또 제7항에 따라 법인세 과세표준 신고와 함께 재고자산평가조정명세서를 제출해야 하고, 법인세법 제42조 제4항도 제2항에 따라 자산을 평가한 내국법인에게 그 평가에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.