비영리법인 해산, 고유목적사업준비금 잔액은 익금이 되나요 넘길 수 있나요?

Q

고유목적사업준비금을 손금에 넣어 온 비영리법인 재단입니다. 아직 쓰지 못한 준비금 잔액이 2억 원 남아 있는데 법인을 해산하려고 합니다. 그대로 해산하면 이 잔액이 익금이 되는지, 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리법인에 포괄적으로 넘기고 해산하면 달라지는지 알고 싶습니다.

A
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그대로 해산하면 남은 준비금 잔액 2억 원은 해산한 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금이 됩니다. 반면 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하면, 해산등기일 현재의 잔액을 그 다른 법인이 승계할 수 있고, 승계한 경우에는 해산을 이유로 익금에 넣지 않습니다. 법인세법 제29조 제5항은 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다고 정합니다. 그 제1호는 해산한 경우이며, 괄호에서 제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외합니다. 같은 조 제4항은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우, 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다고 정합니다. 제10항은 승계 등에 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 합니다. 질문하신 재단이 사업을 넘기지 않고 그대로 해산하면 제5항 제1호에 해당합니다. 그러면 남은 잔액 2억 원은 해산 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금이 되어 그 사업연도 소득금액에 더해집니다. 반대로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산한다면 제4항이 적용됩니다. 이때 해산등기일 현재 잔액 2억 원은 넘겨받는 법인이 승계할 수 있고, 실제로 승계하면 제5항 제1호 괄호에 따라 해산을 이유로 한 익금 산입 대상에서 빠집니다. 제4항이 정한 것은 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우입니다. 승계할 수 있는 금액은 해산등기일 현재의 잔액입니다. 해산등기 전에 고유목적사업등에 지출한 금액이 있다면 같은 조 제3항에 따라 먼저 계상한 사업연도의 준비금부터 차례로 상계하고, 그 뒤 남은 금액이 해산등기일 현재의 잔액이 됩니다. 이처럼 해산 방식에 따라 남은 준비금이 익금이 되는지가 갈리므로, 질문하신 두 방식은 법인세 결과가 서로 다릅니다. 해산 전까지는 다른 사후관리 규정도 그대로 적용됩니다. 같은 조 제5항 제4호는 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 않은 잔액을, 제5호는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 각각 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 넣도록 정합니다. 제7항은 제5항 제4호·제5호와 제6항에 따라 잔액을 익금에 산입하는 경우 이자상당액을 그 사업연도의 법인세에 더해 내도록 합니다. 그러므로 해산 전에 이 사유가 먼저 생긴 잔액은 해산과 별개로 그 사업연도의 익금이 됩니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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