전액은 인정되지 않습니다. 수익사업 소득의 100분의 50을 넘게 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리법인은 임직원의 총급여액 중 8천만 원을 넘는 금액을 고유목적사업에 쓴 인건비로 보지 않기 때문입니다. 질문하신 경우 1억 원 중 2천만 원이 이에 해당합니다. 법인세법 제29조 제1항 제2호는 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱한 금액을 준비금 범위로 정하면서, 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상을 장학금으로 지출하는 법인은 100분의 80으로 정합니다. 법인세법 시행령 제56조 제6항 제1호는 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 봅니다. 같은 조 제11항은 제1호에서 수익사업 소득에 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인을 들고, 그 법인의 임원 및 직원이 받는 총급여액이 8천만 원을 초과하면 그 초과 금액은 제6항 제1호에 따른 인건비로 보지 않는다고 정합니다. 다만 해당 사업연도의 과세표준을 신고하기 전에 인건비 지급규정에 대해 주무관청의 승인을 받은 경우는 예외입니다. 질문하신 재단은 100분의 80이 적용될 수 있는 법인이고, 이번 사업연도에 수익사업 소득의 100분의 50을 넘게 준비금으로 손금에 넣으려 하므로 제11항 제1호에 해당합니다. 사무총장은 1년 내내 근무했고 총급여액이 1억 원이므로, 8천만 원을 넘는 2천만 원은 제6항 제1호의 인건비로 보지 않습니다. 결국 8천만 원까지만 고유목적사업 지출로 보고, 2천만 원은 고유목적사업에 쓴 금액이 되지 않습니다. 주무관청 승인을 받은 적이 없으므로 단서의 예외도 적용되지 않습니다. 제11항 괄호는 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만이면 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱해 계산하도록 정합니다. 질문하신 사무총장은 1년 내내 근무했으므로 이 환산 없이 받은 총급여액 1억 원을 그대로 기준으로 봅니다. 또 같은 항 제3호는 직전 5개 사업연도 중 1개 이상의 사업연도에 제1호 또는 제2호에 해당한 법인으로서 정해진 계산식에 따른 비율이 100분의 50을 초과하는 법인도 대상으로 정합니다. 예외를 받으려면 해당 사업연도의 과세표준 신고 전에 주무관청 승인을 받아야 합니다. 제12항은 주무관청이 그 지급규정이 사회통념상 타당하다고 인정되면 승인하여야 한다고 정하고, 제13항은 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받되 그 사이 지급규정이 바뀌면 그 사유가 발생한 사업연도의 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받도록 합니다. 제14항은 승인을 받은 법인이 신고할 때 지급규정과 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 관할 세무서장에게 내도록 정합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.