동시에 받을 수 없습니다. 비영리법인의 수익사업 소득에 대해 조세특례제한법에 따른 세액감면을 적용받으면 고유목적사업준비금 손금산입 규정을 적용하지 않기 때문입니다. 다만 고유목적사업준비금만 적용받는 것으로 수정신고한 경우에는 이 배제가 적용되지 않습니다. 법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 결산을 확정할 때 고유목적사업등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우 정해진 범위에서 손금에 산입한다고 정합니다. 같은 조 제8항은 제1항을 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 않는다고 정합니다. 이를 받은 법인세법 시행령 제56조 제8항은 그 경우를 해당 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 조세특례제한법에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우로 정합니다. 그리고 단서에서 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다고 정합니다. 질문하신 법인은 수익사업에서 생긴 소득에 대해 조세특례제한법에 따른 세액감면을 받으려 합니다. 이는 시행령 제56조 제8항 본문의 세액감면을 적용받는 경우에 해당하므로, 같은 소득에 대해 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금 손금산입은 적용되지 않습니다. 결국 세액감면과 고유목적사업준비금 가운데 하나를 골라야 하며, 둘을 함께 넣어 신고하면 준비금 손금산입은 인정되지 않습니다. 이미 둘 다 넣어 신고하셨다면 시행령 제56조 제8항 단서가 길을 열어 둡니다. 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고하면 배제 대상에서 빠지므로, 세액감면을 빼고 준비금 손금산입만 적용받는 내용으로 신고를 고칠 수 있습니다. 반대로 세액감면을 유지한다면 준비금 손금산입은 받을 수 없습니다. 준비금만 적용받는 쪽을 고른다면 손금산입 범위는 법인세법 제29조 제1항이 정한 대로입니다. 제1호는 이자소득 금액, 배당소득 금액 등을, 제2호는 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상을 장학금으로 지출하는 법인은 100분의 80)을 곱한 금액을 듭니다. 이 합계액 범위에서 결산 때 손비로 계상한 준비금이 손금에 들어갑니다. 괄호에서 세액공제는 배제 사유에서 제외하고 있으므로, 이 규정이 문제 삼는 것은 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제, 세액감면입니다. 또 준비금을 손금에 넣으려면 법인세법 제29조 제9항과 시행령 제56조 제9항에 따라 법인세 신고와 함께 고유목적사업준비금조정명세서를 내야 하므로, 수정신고 때에도 이 서류를 함께 갖추셔야 합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.