통근수당은 근로소득에 포함되므로 총급여에 넣어 원천징수해야 합니다. 소득세법 시행령은 근로소득에 포함되는 것으로 시간외근무수당·통근수당·개근수당 등을 직접 들고 있습니다. 회사는 이 수당을 매달 급여와 합쳐 원천징수하면 됩니다. 소득세법 제20조 제1항 제1호는 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 정하고, 같은 조 제3항은 근로소득의 범위를 대통령령에 맡깁니다. 같은 조 제2항은 제1항 각 호의 소득 금액의 합계액에서 비과세소득을 뺀 것을 총급여액으로 정합니다. 같은 법 시행령 제38조 제1항은 법 제20조에 따른 근로소득에 각 호의 소득이 포함된다고 정하고, 제9호에 "시간외근무수당ㆍ통근수당ㆍ개근수당ㆍ특별공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여"를 둡니다. 흔히 교통비 비과세라고 부르는 것은 시행령 제12조 제3호와 관련이 있습니다. 시행령 제12조는 실비변상적 성질의 급여의 범위를 정하면서, 제3호에 "일직료ㆍ숙직료 또는 여비로서 실비변상정도의 금액"을 두고, 괄호에서 종업원이 소유하거나 본인 명의로 임차한 차량을 직접 운전하여 사용자의 업무수행에 이용하고 시내출장 등에 소요된 실제여비를 받는 대신 사업체의 규칙 등으로 정한 지급기준에 따라 받는 금액 중 월 20만원 이내의 금액을 포함한다고 정합니다. 이 규정은 여비나 업무에 쓰는 자기 차량에 관한 것입니다. 질문하신 회사의 통근수당은 대중교통으로 출퇴근하는 직원 모두에게 매달 10만원씩 정액으로 지급하는 수당이고, 직원들이 자기 차량을 운전해 업무에 쓰는 일이 없으며 실제 출장 여비와도 관계가 없습니다. 따라서 시행령 제12조 제3호의 여비나 차량 관련 금액이 아니라, 시행령 제38조 제1항 제9호가 근로소득에 포함한다고 정한 통근수당입니다. 이 수당은 근로소득으로서 총급여액에 들어가고, 총급여에서 빼지 않습니다. 참고로 같은 항 제10호는 "여비의 명목으로 받는 연액 또는 월액의 급여"도 근로소득에 포함한다고 정하므로, 여비라는 이름으로 연액이나 월액을 정해 주는 급여도 제10호에 따라 근로소득에 들어갑니다. 시행령 제38조 제1항은 각 호의 소득이 근로소득에 "포함되는 것으로 한다"고 정하므로, 제9호에 든 통근수당은 이 규정에 따라 근로소득의 범위에 들어갑니다. 원천징수는 소득세법 제127조 제1항 제4호에 따라 근로소득을 지급하는 회사가 합니다. 회사는 매달 통근수당 10만원을 급여와 합쳐 근로소득으로 원천징수하고, 연말정산 때도 그동안 원천징수한 통근수당을 총급여액에 포함해 정산해야 합니다. 이 결론은 질문하신 사실관계, 곧 수당이 출퇴근을 위한 정액 지급이고 자기 차량의 업무 이용이나 출장 여비와 관계가 없다는 점을 전제로 합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.