교회에서 회계를 맡고 있습니다. 교회는 부목사님 사례비를 종교인소득으로 매달 원천징수해 왔고, 근로소득으로 원천징수하지 않았으며 원천징수를 하지 않는 선택도 하지 않았습니다. 그런데 부목사님이 곧 사임하고 다른 교회로 옮기십니다. 이 경우 종교인소득 연말정산을 평소처럼 연말정산 시기에 한꺼번에 하면 되는지, 마지막 사례비를 드릴 때 해야 하는지, 원천징수영수증은 언제까지 드려야 하나요?
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부목사님이 사임해 교회와의 소속관계가 끝나는 달의 사례비를 지급할 때 그 과세기간의 종교인소득에 대한 연말정산을 하셔야 합니다. 원천징수영수증은 그 연말정산일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 부목사님께 발급해야 합니다.
소득세법 제145조의3 제1항은 종교인소득을 지급하고 그 소득세를 원천징수하는 자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 종교인소득을 지급할 때 "또는 해당 종교관련종사자와의 소속관계가 종료되는 달의 종교인소득을 지급할 때" 해당 과세기간의 종교인소득에 대하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 금액을 원천징수한다고 정합니다. 연말정산 시점이 두 가지로 정해져 있고, 소속관계가 과세기간 중간에 끝나면 그 종료 달의 지급 때가 정산 시점이 됩니다.
같은 조 제2항은 종교인소득에 대한 연말정산, 소득공제 등의 신고, 원천징수영수증의 발급 또는 원천징수 시기에 관하여 사업소득 연말정산에 관한 규정을 준용하면서, "사업소득"은 "종교인소득"으로, "사업자" 또는 "사업소득자"는 "종교관련종사자"로, "거래계약"은 "소속관계"로, "해지"는 "종료"로 본다고 정합니다. 준용되는 소득세법 제144조의4는 원천징수의무자가 연말정산일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 그 소득의 금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 재정경제부령으로 정하는 원천징수영수증을 발급하여야 한다고 정합니다. 제2항이 연말정산뿐 아니라 원천징수영수증의 발급도 준용 대상으로 적고 있으므로, 영수증 발급 기한도 이 기준을 따릅니다.
질문하신 교회는 부목사님 사례비를 종교인소득으로 원천징수해 왔으므로 제145조의3 제1항의 원천징수하는 자에 해당합니다. 부목사님이 사임하면 교회와의 소속관계가 종료되므로, 다음 연도 2월분 지급 때를 기다리는 것이 아니라 소속관계가 종료되는 달의 사례비를 지급할 때 해당 과세기간의 종교인소득에 대해 연말정산을 해야 합니다. 예를 들어 어느 달 말에 사임하고 그달 사례비를 그달에 지급하면서 정산했다면, 원천징수영수증은 그다음 달 말일까지 발급해야 합니다. 정산 시점을 정하는 기준은 소속관계의 종료이므로, 부목사님이 다른 교회로 옮기는지 여부와 관계없이 이 교회와의 소속관계가 끝나는 달이 기준이 됩니다.
정산할 금액은 제1항이 정한 대로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산하고, 소득공제 등의 신고도 제2항에 따라 사업소득 연말정산 규정을 준용합니다. 참고로 소속관계가 이어지는 다른 종교관련종사자는 제1항 앞부분에 따라 다음 연도 2월분의 종교인소득을 지급할 때 정산하며, 2월분을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분이 없으면 2월 말일에 정산합니다. 사임하는 부목사님은 이 시점까지 기다리지 않고 소속관계가 종료되는 달에 정산한다는 점이 다릅니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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