수도권에서 제조업을 하는 중소기업 법인을 운영하고 있습니다. 상시근로자 수가 직전 사업연도보다 늘어 고용증대세액공제를 처음 받았는데, 얼마 전 끝난 그다음 사업연도에는 세무대리인이 계산한 전체 상시근로자 수가 처음 공제받은 사업연도보다 1명 줄었습니다. 앞으로 남은 사업연도에도 공제를 계속 받을 수 있는지, 이미 공제받은 세액을 다시 내야 하는지 궁금합니다.
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전체 상시근로자 수가 최초로 공제받은 사업연도보다 줄었으므로, 줄어든 사업연도부터는 고용증대세액공제를 더 받을 수 없습니다. 또 공제받은 세액에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 법인세로 납부해야 합니다.
조세특례제한법 제29조의7 제1항은 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 증가한 경우, 해당 과세연도와 그 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 정합니다. 공제액은 같은 항 각 호의 금액을 더한 것으로, 중소기업의 경우 청년등상시근로자 증가 인원 1명당 1,100만원(수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 1,200만원), 수도권 내 지역에서 증가한 청년등상시근로자 외 상시근로자 증가 인원 1명당 700만원입니다. 중소기업은 최초 공제 사업연도를 포함해 최대 세 개 사업연도에 걸쳐 공제를 받는 구조입니다.
같은 조 제2항은 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니한다고 정합니다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부해야 합니다. 전체 인원은 그대로이고 청년등상시근로자 수만 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호만 적용하지 않습니다.
질문의 경우 중소기업이므로 최초 공제 사업연도와 그 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 공제를 받을 수 있는 구조였습니다. 그런데 최초 공제 사업연도의 바로 다음 사업연도에 전체 상시근로자 수가 1명 줄었으므로, 제2항이 정한 기간 중에 감소한 경우에 해당합니다. 따라서 감소한 그 사업연도부터 제1항이 적용되지 않아 그 사업연도와 그다음 사업연도에는 이 공제를 받을 수 없습니다. 아울러 최초 사업연도에 공제받은 세액에 상당하는 금액을 법인세로 내야 하며, 구체적인 납부 금액의 계산 방법은 대통령령이 정합니다.
같은 조 제5항부터 제7항까지는 2020년부터 2022년까지의 각 12월 31일이 속하는 과세연도의 인원 변동에 관한 특례로, 얼마 전 끝난 사업연도에 인원이 줄어든 이 경우와는 관계가 없습니다. 상시근로자 수의 계산 방법은 같은 조 제8항에 따라 대통령령이 정하며, 질문에서는 세무대리인이 그 방식으로 계산한 결과 1명이 줄었다고 하셨으므로 위와 같이 보시면 됩니다. 청년등상시근로자 수만 줄어든 경우와 달리, 전체 상시근로자 수가 줄면 제1항 전체가 적용되지 않는다는 점이 차이입니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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