저희 법인은 6년 전 사업연도에 큰 적자가 나서 결손금을 신고해 두었고, 그동안 이익이 나지 않다가 최근 사업연도 법인세 신고에서 처음으로 그 결손금을 이월결손금으로 공제했습니다. 그런데 세무서가 그 결손금이 처음부터 부풀려 계산됐다며 결손금이 생긴 사업연도를 다시 살펴보겠다고 합니다. 법인세 부과제척기간은 5년으로 알고 있는데, 6년이나 지난 사업연도를 지금 다시 따질 수 있나요?
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다시 따질 수 있습니다. 부과제척기간이 끝난 뒤의 과세기간에 이월결손금을 공제하면, 그 결손금이 발생한 과세기간의 법인세 부과제척기간은 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 따로 정해집니다.
국세기본법 제26조의2 제1항은 국세의 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정합니다. 같은 조 제2항 제1호는 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우 7년으로 정하는데, 질문하신 법인은 결손금을 신고했으므로 제1항의 5년이 기준이 됩니다. 같은 조 제3항은 제1항과 제2항 제1호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 법인세법 제13조 제1항 제1호에 따른 이월결손금 등을 공제하는 경우, 해당 이월결손금 등이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 제1항 및 제2항 제1호에도 불구하고 이월결손금 등을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 한다고 정합니다. 같은 조 제9항은 국세를 부과할 수 있는 날을 대통령령으로 정하도록 합니다.
질문하신 법인은 6년 전 사업연도에 결손금을 신고했으므로, 그 사업연도 법인세의 5년 부과제척기간은 이미 끝났습니다. 그 뒤인 최근 사업연도에 그 결손금을 이월결손금으로 공제했으므로 제3항이 적용됩니다. 그 결과 결손금이 발생한 6년 전 사업연도 법인세의 부과제척기간은 최근 사업연도 법인세의 법정신고기한으로부터 1년이 됩니다. 이 기간 안에는 세무서가 결손금이 생긴 사업연도를 다시 살펴보고 그 사업연도의 법인세에 관한 처분을 할 수 있습니다.
제3항은 결손금을 공제하는 과세기간을 기준으로 기간을 다시 정하는 규정입니다. 결손금이 생긴 사업연도가 오래되었다는 이유만으로 그 사업연도를 다툴 수 없게 되는 것이 아니라, 공제를 받은 시점과 연결해 부과제척기간이 정해지는 구조입니다. 결손금을 여러 사업연도에 나누어 공제한다면 공제하는 과세기간마다 이 규정을 따로 따져야 합니다.
법인세법 제13조 제1항 제1호 나목은 과세표준 계산에서 공제하는 이월결손금이 신고하거나 결정·경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것을 요건으로 정합니다. 같은 항 단서는 이월결손금 공제를 각 사업연도 소득의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인은 100분의 100)을 한도로 합니다. 결손금이 생긴 사업연도의 과세표준이 다시 결정·경정되면 공제할 수 있는 이월결손금의 금액도 그 결과에 따라 달라질 수 있습니다. 국세기본법 제26조의2 제3항은 조세특례제한법에 따라 이월된 세액공제액을 공제하는 경우에도 같은 방식을 정합니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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