외국 자회사와의 거래를 두고 외국 과세당국이 과세를 하자, 저희 회사가 국세청에 조세조약에 따른 상호합의절차를 신청했습니다. 그런데 같은 거래에 대해 국내 세무서에서도 법인세 증액경정 고지를 받았고, 고지를 받은 지 30일쯤 지나 상대국이 개시 요청을 수락해 상호합의절차가 개시됐다는 안내를 받았습니다. 조세심판원에 심판청구를 할 수 있는 90일 기간이 상호합의절차 진행 중에도 계속 흘러가는지 알고 싶습니다.
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상호합의절차가 개시되면 그 개시일부터 종료일까지의 기간은 심판청구의 청구기간에 산입하지 않습니다. 고지를 받은 뒤 개시일 전까지 지난 기간은 청구기간에 들어가지만, 상호합의절차가 진행되는 동안에는 청구기간이 흘러가지 않습니다.
국제조세조정에 관한 법률 제50조는 상호합의절차가 개시된 경우 상호합의절차의 개시일부터 종료일까지의 기간은 제1호에서 국세기본법 제56조 제3항, 제61조, 제68조 및 지방세기본법이 정한 청구기간에, 제2호에서 국세기본법과 지방세기본법이 정한 불복청구의 결정기간에 각각 산입하지 아니한다고 정합니다. 국세기본법 제68조 제1항은 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날, 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 정합니다. 제61조 제1항은 심사청구에 대해 같은 90일 기간을 정하고, 제56조 제3항은 행정소송을 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하도록 정합니다.
개시일과 종료일은 같은 법이 정합니다. 제45조 제2호는 체약상대국의 권한 있는 당국에 개시를 요청한 경우 그 당국으로부터 이를 수락하는 의사를 통보받은 날을 개시일로 정하고, 제1호는 반대로 체약상대국의 권한 있는 당국으로부터 개시 요청을 받은 경우 이를 수락하는 의사를 통보한 날을 개시일로 정합니다. 제46조 제1항은 종료일을 양국 권한 있는 당국 간에 문서로 합의가 이루어진 날로 하고, 합의가 이루어지지 아니한 경우에는 개시일의 다음 날부터 5년이 되는 날로 정합니다. 제2항은 양국이 절차를 계속 진행하기로 합의하면 종료되지 않되, 종료일이 개시일의 다음 날부터 8년을 초과할 수 없다고 정합니다.
질문하신 경우에 대입하면, 증액경정 고지를 받은 날부터 심판청구의 90일 기간이 진행되다가, 약 30일이 지난 때 상대국의 수락으로 상호합의절차가 개시되었습니다. 그 개시일부터 종료일까지의 기간은 제50조에 따라 청구기간에 들어가지 않으므로, 남은 기간은 상호합의절차가 종료된 뒤에 이어서 진행됩니다. 개시 전에 이미 지난 약 30일은 그대로 청구기간에 들어가므로, 종료일 뒤에는 90일 가운데 남은 기간 안에 심판청구를 해야 합니다. 같은 조 제2호에 따라 불복청구에 대한 결정기간에도 이 기간은 산입되지 않습니다.
물음에 답하면, 심판청구의 90일 기간은 상호합의절차가 진행되는 동안 흘러가지 않습니다. 개시일부터 종료일까지가 빠지고, 종료일 뒤에 남은 기간이 다시 진행됩니다. 심판청구를 거친 뒤 행정소송을 낼 때의 기간을 정한 국세기본법 제56조 제3항도 제50조 제1호에 함께 적혀 있어 같은 특례가 적용됩니다. 종료일은 제46조에 따라 정해지므로, 문서 합의가 이루어졌는지에 따라 남은 기간이 다시 진행되는 시점이 달라집니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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