우리 회사는 해외에 있는 특수관계 회사에 물품을 수출해 왔고, 국내에는 해마다 법인세를 법정신고기한 안에 신고했습니다. 그런데 그 나라 세무당국이 같은 거래에 이전가격 과세를 해서 이중과세가 되었고, 조세조약에 따라 상호합의를 신청해 절차가 개시되었습니다. 절차가 몇 년째 이어지는 사이 해당 사업연도의 국내 부과제척기간이 곧 끝난다고 들었습니다. 국제조세 문제로 상호합의가 끝난 뒤에도 국내 세무서가 세금을 부과할 수 있는지, 그렇다면 언제까지인지 알고 싶습니다. 합의가 끝내 안 되면 절차는 언제 끝난 것으로 보나요?
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상호합의절차가 개시되었다면, 국내 일반 부과제척기간이 먼저 끝나더라도 상호합의절차 종료일의 다음 날부터 1년이 될 때까지는 국세를 부과할 수 있습니다. 법은 이 1년의 기간과 국세기본법상 부과제척기간 가운데 나중에 끝나는 기간의 만료일 후에만 부과할 수 없다고 정합니다. 합의가 이루어지지 않으면 원칙적으로 개시일의 다음 날부터 5년이 되는 날이 종료일입니다.
국세기본법 제26조의2 제8항은 조세조약에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우 국세의 부과제척기간은 국제조세조정에 관한 법률 제51조에서 정하는 바에 따른다고 정합니다. 국제조세조정에 관한 법률 제51조 제1항은 상호합의절차가 개시된 경우 상호합의절차 종료일의 다음 날부터 1년의 기간과 국세기본법 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 부과제척기간 중 나중에 도래하는 기간의 만료일 후에는 국세를 부과할 수 없다고 정합니다. 같은 조 제2항은 지방세도 상호합의절차 종료일의 다음 날부터 1년과 지방세기본법에 따른 부과의 제척기간 중 나중 것을 기준으로 합니다.
국세기본법 제26조의2 제1항은 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 하되, 역외거래는 7년으로 정합니다. 여기서 역외거래에는 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호의 국제거래, 곧 거래 당사자 중 한쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인인 거래가 포함됩니다.
종료일은 국제조세조정에 관한 법률 제46조가 정합니다. 제1항은 우리나라와 체약상대국의 권한 있는 당국 간에 문서로 합의가 이루어진 날을 종료일로 하고, 합의가 이루어지지 않으면 개시일의 다음 날부터 5년이 되는 날을 종료일로 합니다. 제2항은 두 나라가 절차를 계속 진행하기로 합의하면 종료되지 않지만, 그 경우에도 종료일은 개시일의 다음 날부터 8년을 넘을 수 없다고 정합니다. 제3항은 진행 중 법원의 확정판결이 있거나 신청인이 개시 신청을 철회하는 경우 등에는 그 구분에 따른 날을 종료일로 따로 정합니다.
질문하신 회사는 외국법인인 특수관계 회사와 물품을 거래했으므로 국제거래에 해당하고, 신고를 기한 안에 했으므로 일반 부과제척기간은 7년이 기준입니다. 이 7년이 상호합의 진행 중에 끝나더라도, 상호합의절차가 개시된 이상 종료일의 다음 날부터 1년이 더 늦게 끝나면 그때까지 국내 세무서는 국세를 부과할 수 있습니다. 두 나라가 문서로 합의하면 그 합의일이 종료일이 되고, 합의가 끝내 안 되면 개시일 다음 날부터 5년이 되는 날, 계속 진행하기로 합의했다면 8년 한도 안에서 실제 종료되는 날이 기준이 됩니다.
신청을 철회하면 제46조 제3항에 따라 철회일이 종료일이 되어, 그 다음 날부터 1년이 부과 가능 기간의 기준이 된다는 점도 함께 알아 두셔야 합니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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