종합소득세 환급금 15만 원 지급결정이 났는데, 환급받을 계좌를 신고하지 않아 1년 넘게 받지 못했습니다. 밀린 세금은 없습니다. 이번에 종합소득세 중간예납 고지서가 나왔는데, 세무서가 제 동의 없이 그 환급금을 이번 고지 세금에 넣어 처리할 수 있는지, 그렇게 되면 환급가산금은 언제까지 붙는지 궁금합니다.
그렇게 처리될 수 있습니다. 충당하고 남은 국세환급금이 20만원 이하이고 지급결정을 한 날부터 1년 이내에 환급이 이루어지지 않으면, 세무서장은 그 환급금을 납부고지에 의하여 납부하는 국세에 충당할 수 있고, 이때 납세자의 동의가 있는 것으로 봅니다. 이렇게 충당하는 경우 국세환급가산금은 지급결정을 한 날까지 붙습니다.
국세기본법 제51조 제1항은 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액 등이 있으면 세무서장이 즉시 국세환급금으로 결정하도록 정합니다. 같은 조 제2항은 국세환급금을 납부고지에 의하여 납부하는 국세(제1호), 체납된 국세 및 강제징수비(제2호), 세법에 따라 자진납부하는 국세(제3호)에 충당하도록 하면서, 단서에서 제1호와 제3호의 국세에 충당하는 것은 납세자가 동의하는 경우에만 한다고 정합니다. 같은 조 제6항은 충당한 후 남은 금액을 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 지급하도록 합니다. 제8항은 제6항에도 불구하고 충당한 후 남은 금액이 20만원 이하이고 지급결정을 한 날부터 1년 이내에 환급이 이루어지지 않으면 같은 항 제1호의 국세에 충당할 수 있고, 이 경우 제2항 단서의 동의가 있는 것으로 본다고 정합니다.
국세환급가산금은 제52조 제1항에 따라 원칙적으로 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지 계산하지만, 같은 조 제2항은 제51조 제8항에 따라 충당하는 경우 지급결정을 한 날까지 가산한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제31조 제1항은 충당한 경우 그 뜻을 적은 문서로 납세자에게 통지하도록 하고, 제3항은 제8항에 따른 국세환급금은 환급금이 발생한 세목과 같은 세목이 있으면 같은 세목에 우선 충당하도록 정합니다. 제4항은 제8항에 따라 충당할 국세환급금이 2건 이상이면 소멸시효가 먼저 도래하는 것부터 충당하도록 정합니다.
질문하신 경우 밀린 세금이 없고 환급금 15만 원은 20만원 이하이며, 지급결정 후 1년이 넘도록 환급이 이루어지지 않았으므로 제51조 제8항의 요건에 맞습니다. 이번 중간예납 세금은 고지서로 내는 세금이므로 제2항 제1호의 국세이고, 원래는 질문자의 동의가 있어야 충당할 수 있지만 제8항에 따라 동의가 있는 것으로 봅니다. 환급금이 종합소득세에서 생겼으므로 같은 세목인 종합소득세에 우선 충당됩니다. 환급가산금은 지급결정을 한 날까지만 더해지고, 그 뒤 충당하는 날까지의 기간은 더해지지 않습니다.
제8항은 '충당할 수 있다'고 정하고 있어 세무서장이 반드시 충당해야 하는 것은 아닙니다. 충당하지 않은 환급금은 원래대로 제6항에 따른 지급 대상으로 남습니다. 충당되면 시행령 제31조 제1항에 따른 통지 문서가 오므로, 고지서와 함께 충당된 세목과 금액을 그 문서로 확인하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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