부가가치세 환급세액으로 종합소득세 납부, 충당청구하면 언제 낸 것이 되나요?

청구할 수 있습니다. 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 납세자는 그 환급세액을 납부고지에 의하여 납부하는 국세나 세법에 따라 자진납부하는 국세에 충당할 것을 청구할 수 있습니다. 이 경우 충당된 세액은 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 봅니다. 국세기본법 제51조 제1항은 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있으면 세무서장이 즉시 국세환급금으로 결정하도록 정합니다. 같은 조 제2항은 국세환급금을 납부고지에 의하여 납부하는 국세(제1호), 체납된 국세 및 강제징수비(제2호), 세법에 따라 자진납부하는 국세(제3호)에 충당하도록 하되, 제1호와 제3호의 국세에 충당하는 것은 납세자가 동의하는 경우에만 한다고 정합니다. 같은 조 제4항은 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급세액을 제2항 제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있고, 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다고 정합니다. 질문하신 경우 부가가치세 확정신고로 생긴 환급세액 300만 원은 세법에 따라 환급받을 환급세액이고, 종합소득세를 신고하면서 직접 내는 세금은 제2항 제3호의 자진납부하는 국세입니다. 따라서 제4항에 따라 그 환급세액을 종합소득세에 충당해 달라고 청구할 수 있습니다. 제2항 단서는 세무서장이 제1호와 제3호의 국세에 충당하려면 납세자의 동의를 요구하는데, 제4항은 이와 따로 납세자가 직접 충당을 청구할 수 있는 길을 정한 것입니다. 충당된 세액에 대해서는 실제 처리일이 아니라 충당청구를 한 날에 종합소득세를 낸 것으로 봅니다. 밀린 세금이 있었다면 같은 법 시행령 제31조 제2항에 따라 체납된 국세에 우선 충당되었을 것입니다. 제4항의 청구 대상에는 제2항 제1호의 납부고지에 의하여 납부하는 국세도 들어 있으므로, 고지서로 내는 세금이 있을 때도 같은 방법으로 청구할 수 있습니다. 충당한 뒤 환급세액이 남으면 제51조 제6항에 따라 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 지급받습니다. 제52조 제1항은 국세환급금을 충당하거나 지급할 때 정해진 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 국세환급가산금을 더하도록 정합니다. 시행령 제31조 제1항은 충당한 경우 그 뜻을 적은 문서로 납세자에게 통지하도록 합니다. 같은 조 제2항 단서는 납세자가 납부고지에 따라 납부하는 국세에 충당하는 것에 동의하거나 신청한 경우에는 그 국세에 우선 충당하도록 정합니다. 납부한 것으로 보는 날이 충당청구를 한 날이므로, 종합소득세의 납부기한 안에 충당청구를 해야 그 기한 안에 낸 것이 됩니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.