일반과세자로 옷가게를 하다가 얼마 전 간이과세자로 바뀌었고, 세무서에서 남은 재고와 설비에 대한 재고납부세액을 내야 한다는 안내를 받았습니다. 그런데 간이과세자로 바뀐 뒤 장사가 안 돼 이번 과세기간 공급대가를 12개월로 환산해도 4,800만 원에 한참 못 미칩니다. 이 경우 부가가치세 납부의무 면제로 재고납부세액까지 안 내도 되는지 궁금합니다.
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재고납부세액은 내셔야 합니다. 공급대가가 4천800만원 미만이면 간이과세자의 납부의무가 면제되지만, 법은 일반과세자에서 간이과세자로 바뀔 때 납부세액에 더하는 재고 관련 세액은 그 면제에서 따로 빼 두었습니다.
부가가치세법 제69조 제1항 본문은 간이과세자의 해당 과세기간에 대한 공급대가의 합계액이 4천800만원 미만이면 제63조 제2항에 따른 납부의무를 면제한다고 정합니다. 그러나 같은 항 단서는 제64조에 따라 납부세액에 더하여야 할 세액은 그러하지 아니하다고 정합니다.
제64조는 일반과세자가 간이과세자로 변경되면 변경 당시의 재고품, 건설 중인 자산 및 감가상각자산에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제63조 제2항에 따른 납부세액에 더하도록 정합니다. 대상은 이 법에 따라 매입세액을 공제받은 자산이고, 사업양도로 양수한 자산으로서 사업양도자가 매입세액을 공제받은 재화도 포함됩니다. 구체적인 계산 방법은 대통령령으로 정하도록 되어 있습니다.
법이 이렇게 정한 구조를 보면 이해가 쉽습니다. 제64조의 세액은 일반과세자일 때 매입세액을 공제받은 재고와 설비가 간이과세자로 넘어오는 데 따라 제63조 제2항의 납부세액에 더하도록 한 금액입니다. 제69조 제1항은 본문에서 제63조 제2항에 따른 납부의무를 면제하면서도 단서로 이 더하는 세액만은 면제에서 빼 두었으므로, 면제 요건을 갖추었는지와 관계없이 재고납부세액은 남게 됩니다.
면제 여부를 판단하는 공급대가 계산 방법도 법이 정합니다. 제69조 제3항은 해당 과세기간에 신규로 사업을 시작한 간이과세자(제1호), 휴업자ㆍ폐업자 및 과세기간 중 과세유형을 전환한 간이과세자(제2호), 과세기간의 특례를 적용받는 간이과세자(제3호)는 각 호가 정한 기간의 공급대가 합계액을 12개월로 환산한 금액을 기준으로 하고, 1개월 미만의 끝수는 1개월로 한다고 정합니다.
이처럼 과세기간 전체를 영업하지 않은 경우에는 실제 매출이 아니라 환산한 금액으로 4천800만원 미만인지를 봅니다. 다만 환산 결과 납부의무가 면제되더라도, 제64조에 따라 더하는 세액이 면제에서 빠진다는 점은 달라지지 않습니다. 면제는 제63조 제2항에 따른 납부의무에 관한 것이기 때문입니다.
질문하신 분은 일반과세자에서 간이과세자로 바뀌었고, 바뀐 뒤 과세기간의 공급대가를 12개월로 환산해도 4천800만원에 미치지 못합니다. 그렇다면 제69조 제1항 본문에 따라 간이과세자로서 제63조 제2항에 따라 계산한 납부세액의 납부의무는 면제됩니다. 그러나 세무서가 안내한 재고납부세액은 제64조에 따라 납부세액에 더하는 세액이므로 같은 항 단서에 따라 면제되지 않고 그대로 내야 합니다. 면제 대상이라는 이유로 이 세액을 내지 않으면 납부할 세액을 내지 않은 것이 됩니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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