근로기준법상 3개월 선택적 근로시간제, 11시간 휴식 의무가 있나요?

Q

직원 80명인 소프트웨어 회사에서 신기술 연구개발 업무를 하고 있습니다. 회사는 근로자대표와 서면으로 합의해 정산기간을 3개월로 정한 선택적 근로시간제를 운영하고, 출퇴근 시각은 각자 정합니다. 마감이 몰리면 새벽 2시에 퇴근하고 같은 날 아침 9시에 다시 출근하는 날이 생기는데, 휴식 시간에 관해 따로 합의한 것은 없습니다. 회사는 3개월을 다 채운 뒤 평균으로만 따져 초과분을 주겠다고 합니다. 근로기준법상 1개월을 넘는 정산기간이면 회사가 따로 지켜야 할 의무가 있나요?

A
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네, 있습니다. 정산기간이 1개월을 넘으면 회사는 근로일이 끝난 뒤 다음 근로일이 시작되기 전까지 연속 11시간 이상의 휴식 시간을 주어야 합니다. 또 1주 40시간을 넘은 시간은 3개월 전체가 아니라 매 1개월마다 평균해 따지고, 그 시간에 통상임금의 100분의 50 이상을 더해 지급해야 합니다. 근로기준법 제52조 제1항은 취업규칙에 따라 업무의 시작 및 종료 시각을 근로자의 결정에 맡기기로 한 근로자에 대하여 근로자대표와의 서면 합의로 정해진 사항이 있으면, 1개월 이내의 정산기간을 평균하여 1주 근로시간이 40시간을 넘지 않는 범위에서 1주 40시간, 1일 8시간을 넘겨 일하게 할 수 있다고 정합니다. 신상품 또는 신기술의 연구개발 업무는 이 정산기간이 3개월 이내입니다. 같은 조 제2항은 1개월을 초과하는 정산기간을 정한 사용자가 해야 할 조치 두 가지를 정합니다. 제1호는 근로일 종료 후 다음 근로일 시작 전까지 근로자에게 연속하여 11시간 이상의 휴식 시간을 주는 것입니다. 다만 천재지변 등 대통령령으로 정하는 불가피한 경우에는 근로자대표와의 서면 합의가 있으면 그에 따르고, 그 경우는 근로기준법 시행령 제29조 제2항이 정합니다. 제2호는 매 1개월마다 평균하여 1주간의 근로시간이 40시간을 초과한 시간에 대해 통상임금의 100분의 50 이상을 가산하여 지급하는 것이고, 이 경우 제56조 제1항은 적용하지 않는다고 정합니다. 질문하신 경우는 신기술 연구개발 업무로 정산기간을 3개월로 정했으므로 제52조 제2항의 두 조치가 모두 적용됩니다. 새벽 2시에 퇴근하고 아침 9시에 출근하면 근로일 사이 휴식이 7시간이어서 11시간에 못 미칩니다. 휴식 시간에 관한 서면 합의도 없다고 하셨으므로 제1호 단서도 해당하지 않습니다. 출퇴근 시각을 근로자가 정하는 제도라도 이 휴식 시간을 주어야 하는 쪽은 제2항이 정한 대로 사용자입니다. 가산임금도 회사 설명과 다릅니다. 제2호는 3개월 전체 평균이 아니라 매 1개월마다 평균해 1주 40시간을 넘은 시간을 가산 대상으로 정합니다. 그래서 첫 달에 1주 평균 40시간을 넘겼다면, 뒤의 두 달에 덜 일해 3개월 평균이 40시간 아래로 내려가더라도 첫 달에 넘은 시간에는 통상임금의 100분의 50 이상을 더한 임금을 받아야 합니다. 새벽 2시까지 일한 날처럼 오후 10시부터 다음 날 오전 6시 사이에 일한 시간은 제56조 제3항이 정한 야간근로에 해당하고, 같은 항은 그 시간에 통상임금의 100분의 50 이상을 가산하도록 정합니다. 근로기준법은 제11조 제1항에 따라 상시 5명 이상의 근로자를 사용하는 사업장에 적용되므로 직원 80명인 회사에는 이 규정들이 적용됩니다. 구체적인 사안은 노무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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