선택적 근로시간제 월별 가산임금, 서면합의로 보상휴가로 줄 수 있나요?

됩니다. 근로기준법은 1개월을 넘는 정산기간의 선택적 근로시간제에서 매 1개월 평균 주 40시간을 넘긴 시간에 주는 가산임금을 보상휴가제의 대상으로 직접 적고 있고, 정산기간 3개월의 연구개발 업무가 이 경우에 해당합니다.근로자대표와 서면으로 합의하면 그 임금을 지급하는 대신 휴가를 줄 수 있고, 서면 합의가 없으면 임금으로 지급해야 합니다. 근로기준법 제52조 제1항은 취업규칙에 따라 업무의 시작 및 종료 시각을 근로자의 결정에 맡기기로 한 근로자에 대하여 근로자대표와의 서면 합의로 정하는 선택적 근로시간제의 정산기간을 1개월 이내로 하되, 신상품 또는 신기술의 연구개발 업무는 3개월로 한다고 정하고, 서면 합의로 대상 근로자의 범위, 정산기간, 정산기간의 총 근로시간 등을 정하도록 합니다.같은 조 제2항은 1개월을 초과하는 정산기간을 정하면 사용자가 할 조치로, 제1호에서 근로일 종료 후 다음 근로일 시작 전까지 연속하여 11시간 이상의 휴식 시간을 줄 것을, 제2호에서 매 1개월마다 평균하여 1주간의 근로시간이 40시간을 초과한 시간에 통상임금의 100분의 50 이상을 가산하여 지급할 것을 정하고, 이 경우 제56조 제1항은 적용하지 아니한다고 정합니다. 제57조는 사용자가 근로자대표와의 서면 합의에 따라 연장근로·야간근로 및 휴일근로 등에 대하여 임금을 지급하는 것을 갈음하여 휴가를 줄 수 있다고 정하면서, 그 대상으로 제52조 제2항 제2호와 제56조에 따른 근로를 함께 적고 있습니다. 근로자대표는 제24조 제3항에 따라 근로자의 과반수로 조직된 노동조합이 없으면 근로자의 과반수를 대표하는 자입니다. 질문하신 회사는 직원 40명이므로 제11조 제1항에 따라 근로기준법이 적용됩니다. 신기술 연구개발 업무에 정산기간 3개월을 정했으므로 제52조 제2항의 조치가 적용되고, 매 1개월 평균 주 40시간을 넘긴 시간의 가산임금은 같은 항 제2호에 따른 임금입니다. 제57조가 이 제2호를 대상으로 적고 있으므로, 직원 과반수를 대표하는 근로자대표와 서면으로 합의하면 그 가산임금을 지급하는 대신 휴가를 줄 수 있습니다. 서면 합의로 휴가로 갈음하지 않은 부분은 원칙대로 제2호에 따라 가산한 임금을 지급해야 합니다. 보상휴가 합의와 별도로 제52조 제2항 제1호의 11시간 연속 휴식은 정산기간이 1개월을 넘는 동안 계속 주어야 하고, 제110조 제1호는 이를 위반한 자를 2년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처하도록 정합니다. 오후 10시부터 다음 날 오전 6시 사이의 근로는 제56조 제3항의 야간근로로 통상임금의 100분의 50 이상을 가산해야 하는데, 이 역시 제57조의 대상이므로 휴가로 갈음하려면 서면 합의에 함께 정해야 합니다. 구체적인 사안은 노무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.